21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Pseudo-2 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-2  tRNA-OTHER  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.520192  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14044  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0590766  normal  0.664397 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0055  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-1  tRNA-OTHER  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.526537  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0006  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.286369  normal  0.0478712 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0006  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.226998  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0021  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0175926  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0063  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0394171  normal  0.40754 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0188639 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0082  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60450  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.287736  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0004  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0041  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0195063  normal  0.685776 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0013  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.315866  normal  0.289576 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0054  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 95 bp  44.1  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.6985  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t68  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.613461  normal  0.197969 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>