More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1461 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_01255  6-phosphogluconate dehydrogenase  61.31 
 
 
517 aa  666    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.602496  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2341  6-phosphogluconate dehydrogenase  59.65 
 
 
510 aa  648    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.673098  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1902  6-phosphogluconate dehydrogenase  73.89 
 
 
508 aa  801    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1723  6-phosphogluconate dehydrogenase  74.47 
 
 
508 aa  815    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3220  6-phosphogluconate dehydrogenase  82.98 
 
 
517 aa  909    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0151158 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2842  6-phosphogluconate dehydrogenase  75.24 
 
 
508 aa  817    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2969  6-phosphogluconate dehydrogenase  74.85 
 
 
508 aa  814    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.727266  normal  0.666571 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1935  6-phosphogluconate dehydrogenase  68.19 
 
 
521 aa  743    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2824  6-phosphogluconate dehydrogenase  75.05 
 
 
508 aa  815    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1534  6-phosphogluconate dehydrogenase  75.05 
 
 
508 aa  816    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.976623  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1609  6-phosphogluconate dehydrogenase  73.5 
 
 
508 aa  802    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1684  6-phosphogluconate dehydrogenase  73.69 
 
 
508 aa  801    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2724  6-phosphogluconate dehydrogenase  73.11 
 
 
509 aa  788    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2794  6-phosphogluconate dehydrogenase  76.97 
 
 
511 aa  798    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000310387  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2561  6-phosphogluconate dehydrogenase  79.11 
 
 
513 aa  864    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1677  6-phosphogluconate dehydrogenase  73.5 
 
 
508 aa  801    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1461  6-phosphogluconate dehydrogenase  100 
 
 
517 aa  1072    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233963 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1365  6-phosphogluconate dehydrogenase  68.67 
 
 
511 aa  731    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.15586 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3505  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  58.02 
 
 
507 aa  605  9.999999999999999e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2937  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  50.5 
 
 
500 aa  535  1e-150  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.350304 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0758  6-phosphogluconate dehydrogenase  48.93 
 
 
501 aa  494  9.999999999999999e-139  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.210806 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1950  6-phosphogluconate dehydrogenase  51.1 
 
 
505 aa  491  1e-137  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2599  6-phosphogluconate dehydrogenase  50.5 
 
 
523 aa  489  1e-137  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1694  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  46.32 
 
 
474 aa  446  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2279  6-phosphogluconate dehydrogenase  46.49 
 
 
471 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000283239  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0326  6-phosphogluconate dehydrogenase  46.49 
 
 
469 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1215  6-phosphogluconate dehydrogenase  45.6 
 
 
482 aa  436  1e-121  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000332109  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2404  6-phosphogluconate dehydrogenase  44.29 
 
 
484 aa  430  1e-119  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0925  6-phosphogluconate dehydrogenase  47.11 
 
 
480 aa  430  1e-119  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0833  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  43.65 
 
 
490 aa  426  1e-118  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1061  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  44.8 
 
 
477 aa  426  1e-118  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.142467  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2110  6-phosphogluconate dehydrogenase  44.31 
 
 
489 aa  424  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2625  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  45.47 
 
 
483 aa  421  1e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0635  6-phosphogluconate dehydrogenase  44.73 
 
 
484 aa  419  1e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2210  6-phosphogluconate dehydrogenase  45 
 
 
469 aa  421  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.828318  normal  0.666462 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2811  6-phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating)  43.78 
 
 
482 aa  419  1e-116  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0924  6-phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating)  43.96 
 
 
475 aa  419  1e-116  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.273894  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2297  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  44.05 
 
 
490 aa  421  1e-116  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.799207  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0180  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  43.39 
 
 
484 aa  416  9.999999999999999e-116  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0642  6-phosphogluconate dehydrogenase  44.6 
 
 
472 aa  416  9.999999999999999e-116  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000463294  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0892  6-phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating)  42.32 
 
 
477 aa  418  9.999999999999999e-116  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.305911  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4083  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  41.98 
 
 
484 aa  413  1e-114  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0642645  normal  0.213475 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1204  6-phosphogluconate dehydrogenase  44.09 
 
 
468 aa  413  1e-114  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1320  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.49 
 
 
468 aa  413  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0119731  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0340  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  42.86 
 
 
485 aa  415  1e-114  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.101232  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0631  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.91 
 
 
471 aa  412  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.410653  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03954  hypothetical protein similar to 6-phosphogluconate dehydrogenase (Eurofung)  44.7 
 
 
490 aa  411  1e-113  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0543109 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0166  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.35 
 
 
469 aa  412  1e-113  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0159  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.35 
 
 
469 aa  411  1e-113  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2847  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.49 
 
 
468 aa  409  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0157  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.35 
 
 
469 aa  411  1e-113  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0420  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.91 
 
 
471 aa  411  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0469  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.91 
 
 
471 aa  411  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2376  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.91 
 
 
471 aa  411  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0828  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.91 
 
 
471 aa  411  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.742561  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0685  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.31 
 
 
482 aa  411  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0164  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.35 
 
 
469 aa  412  1e-113  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0208  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.35 
 
 
469 aa  411  1e-113  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0039  6-phosphogluconate dehydrogenase  44.95 
 
 
471 aa  410  1e-113  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.554725  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2642  6-phosphogluconate dehydrogenase  44.31 
 
 
468 aa  410  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1948  6-phosphogluconate dehydrogenase  44.01 
 
 
481 aa  411  1e-113  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2515  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.91 
 
 
471 aa  411  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.864381  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1798  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.91 
 
 
471 aa  411  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0186  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.35 
 
 
469 aa  411  1e-113  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4715  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.8 
 
 
469 aa  412  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.246176  decreased coverage  0.00597476 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2765  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.82 
 
 
468 aa  405  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2183  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.71 
 
 
468 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000119365  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3014  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.09 
 
 
468 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000146076  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003325  6-phosphogluconate dehydrogenase decarboxylating  43.06 
 
 
482 aa  405  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07950  6-phosphogluconate dehydrogenase  42.35 
 
 
486 aa  406  1.0000000000000001e-112  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.367535  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3177  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.49 
 
 
469 aa  406  1.0000000000000001e-112  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.635161 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5973  6-phosphogluconate dehydrogenase  44.4 
 
 
469 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.91163  normal  0.882355 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11872  6-phosphogluconate dehydrogenase  44.09 
 
 
483 aa  405  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000287104  normal  0.308881 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3359  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.5 
 
 
484 aa  407  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.191261  normal  0.983915 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02427  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.25 
 
 
482 aa  405  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2810  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.82 
 
 
468 aa  405  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2535  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.49 
 
 
469 aa  405  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1608  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.56 
 
 
468 aa  405  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.222702 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2449  6-phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating)  43.58 
 
 
478 aa  408  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2436  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.49 
 
 
469 aa  405  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2181  6-phosphogluconate dehydrogenase  44.31 
 
 
470 aa  403  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.296225  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3620  6-phosphogluconate dehydrogenase  44.31 
 
 
470 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4459  6-phosphogluconate dehydrogenase  44.31 
 
 
470 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.562999  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3907  6-phosphogluconate dehydrogenase  44.31 
 
 
470 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01931  6-phosphogluconate dehydrogenase  42.71 
 
 
468 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1628  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  42.51 
 
 
468 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00766748  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1569  6-phosphogluconate dehydrogenase  42.48 
 
 
468 aa  400  9.999999999999999e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01917  hypothetical protein  42.71 
 
 
468 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_69500  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.79 
 
 
508 aa  400  9.999999999999999e-111  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.239936  normal  0.16474 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1031  6-phosphogluconate dehydrogenase  42.71 
 
 
468 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1601  6-phosphogluconate dehydrogenase  42.48 
 
 
468 aa  400  9.999999999999999e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0397  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  42.89 
 
 
468 aa  400  9.999999999999999e-111  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2307  6-phosphogluconate dehydrogenase  42.89 
 
 
468 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97354  hitchhiker  0.00484467 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2812  6-phosphogluconate dehydrogenase  42.89 
 
 
486 aa  402  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0746874  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3285  6-phosphogluconate dehydrogenase  44.11 
 
 
470 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2962  6-phosphogluconate dehydrogenase  42.32 
 
 
468 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000250075 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2856  6-phosphogluconate dehydrogenase  42.89 
 
 
486 aa  402  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.904014  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2839  6-phosphogluconate dehydrogenase  42.89 
 
 
486 aa  402  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3089  6-phosphogluconate dehydrogenase  42.66 
 
 
489 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.609606 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2420  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.09 
 
 
468 aa  398  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.511918  hitchhiker  0.0040278 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>