18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0788 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0788  transcriptional regulator  100 
 
 		 270 aa  556  1e-157  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2650  transcriptional regulator  54.81 
 
 		 271 aa  292  5e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00061055  normal  0.037615 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0552  Cro/CI family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 269 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.213682 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0540  Cro/CI family transcriptional regulator  47.66 
 
 		 269 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.781184  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0497  Cro/CI family transcriptional regulator  47.68 
 
 		 269 aa  218  6e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0134  helix-turn-helix domain-containing protein  47.64 
 
 		 272 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0531  Cro/CI family transcriptional regulator  47.68 
 
 		 269 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.532711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35470  hypothetical protein  42.07 
 
 		 272 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.030822  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2990  hypothetical protein  43.96 
 
 		 272 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2182  putative transcriptional regulator  34.2 
 
 		 264 aa  143  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.293373  normal  0.188357 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6961  XRE family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 275 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.512084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1526  hypothetical protein  31.91 
 
 		 322 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.818031  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6303  hypothetical protein  31.91 
 
 		 322 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.519477 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4501  helix-turn-helix domain protein  30.2 
 
 		 261 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0769508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0390  hypothetical protein  32.42 
 
 		 266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1093  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 280 aa  122  6e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0872  XRE family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 266 aa  62.4  0.000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2429  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 127 aa  42.7  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00159098 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>