296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2040 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2040  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  100 
 
 
154 aa  322  1e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  81.82 
 
 
154 aa  268  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1928  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  78.57 
 
 
154 aa  259  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0516617  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  68.83 
 
 
154 aa  238  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.161913 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3022  hypothetical protein  64.94 
 
 
154 aa  222  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2237  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  62.99 
 
 
154 aa  217  6e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2637  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  62.34 
 
 
154 aa  215  2e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.302583  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2242  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  51.75 
 
 
161 aa  155  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  46.36 
 
 
164 aa  147  4e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0968  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  41.94 
 
 
163 aa  137  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.4173  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2610  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  43.31 
 
 
162 aa  137  6e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22484  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1036  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  43.15 
 
 
158 aa  134  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0507357  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0631  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  42.86 
 
 
162 aa  130  6e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.463993  normal  0.179081 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1483  hypothetical protein  42.67 
 
 
162 aa  128  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.398107  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0714  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.54 
 
 
160 aa  127  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1183  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  43.15 
 
 
158 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204869  normal  0.726417 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4864  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  42.18 
 
 
147 aa  126  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0716  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.18 
 
 
166 aa  124  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2198  hypothetical protein  46.15 
 
 
147 aa  123  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.328863  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1872  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.19 
 
 
166 aa  123  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308799  normal  0.266462 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1182  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  43.14 
 
 
162 aa  123  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0852446  normal  0.729931 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0873  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  44.76 
 
 
147 aa  121  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.287147  normal  0.415185 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1480  hypothetical protein  41.61 
 
 
164 aa  121  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.412839  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2315  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.19 
 
 
166 aa  120  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.08295  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1181  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.14 
 
 
158 aa  120  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.128297  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  42.48 
 
 
162 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1034  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.61 
 
 
158 aa  118  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115703  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  44.37 
 
 
149 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1482  hypothetical protein  40.14 
 
 
155 aa  111  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0982855  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0715  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.84 
 
 
159 aa  110  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4073  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.59 
 
 
134 aa  105  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1412  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  41.27 
 
 
152 aa  101  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.233929  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2665  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40.31 
 
 
147 aa  99.4  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.66 
 
 
136 aa  98.6  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  38.33 
 
 
136 aa  95.5  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.05 
 
 
136 aa  92.4  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.17 
 
 
136 aa  92  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0696  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  41.9 
 
 
136 aa  92  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.05 
 
 
136 aa  91.7  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.89 
 
 
136 aa  92  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3908  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40.95 
 
 
136 aa  90.9  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.72 
 
 
136 aa  90.9  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0815  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  41.9 
 
 
136 aa  90.9  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3056  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.08 
 
 
134 aa  90.9  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00204984  hitchhiker  0.00341554 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0916  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.08 
 
 
134 aa  90.5  7e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.403663 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3017  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.48 
 
 
136 aa  90.5  8e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.403214  normal  0.86852 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0784  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.9 
 
 
136 aa  90.1  9e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  42.06 
 
 
136 aa  89.7  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.959618  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0332  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  41.9 
 
 
213 aa  90.1  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.989164  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.07 
 
 
136 aa  90.1  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0258  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.4 
 
 
132 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4439  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.09 
 
 
132 aa  89  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1392  hypothetical protein  37.1 
 
 
135 aa  89  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.17 
 
 
136 aa  89  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.38 
 
 
139 aa  89  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3234  hypothetical protein  37.1 
 
 
135 aa  87.8  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3220  hypothetical protein  37.1 
 
 
135 aa  87.8  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275931  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3181  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.1 
 
 
135 aa  87.8  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1928  hypothetical protein  37.1 
 
 
135 aa  87.4  7e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2062  hypothetical protein  37.1 
 
 
135 aa  87.4  7e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2681  hypothetical protein  37.1 
 
 
135 aa  87.4  7e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  35.83 
 
 
133 aa  87.4  7e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0849  hypothetical protein  37.1 
 
 
135 aa  87.4  7e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2154  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.21 
 
 
138 aa  86.3  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.300605  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6263  hypothetical protein  34.15 
 
 
139 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.617711  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.96 
 
 
137 aa  86.7  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0030  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.61 
 
 
133 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378297  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1698  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.6 
 
 
133 aa  85.9  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  37.82 
 
 
129 aa  84.7  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0063  hypothetical protein  31.71 
 
 
132 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5079  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
133 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00555698 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0697  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.11 
 
 
162 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147302  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.8 
 
 
131 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35 
 
 
144 aa  81.3  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72130  hypothetical protein  32.52 
 
 
139 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0102273  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4239  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.52 
 
 
134 aa  80.9  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306476  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.87 
 
 
158 aa  80.5  0.000000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  35.94 
 
 
131 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0199  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.23 
 
 
133 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  34.06 
 
 
141 aa  77.8  0.00000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0148  hypothetical protein  29.6 
 
 
134 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0627539 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2351  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.68 
 
 
132 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0166  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.13 
 
 
133 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.996631 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.6 
 
 
131 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01113  hypothetical protein  40.59 
 
 
109 aa  76.6  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2179  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.67 
 
 
153 aa  75.1  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.941254 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1362  hypothetical protein  30.51 
 
 
137 aa  73.9  0.0000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.98535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0164  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.56 
 
 
133 aa  73.6  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2632  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.75 
 
 
137 aa  73.2  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  34.38 
 
 
131 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.05 
 
 
137 aa  73.2  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267657  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.8 
 
 
131 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3911  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.81 
 
 
175 aa  70.9  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0706653  normal  0.116642 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0877  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.52 
 
 
133 aa  70.5  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10368  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G11530)  31.97 
 
 
141 aa  70.5  0.000000000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0141752 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4371  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  44.44 
 
 
149 aa  70.1  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.732633  normal  0.279445 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.06 
 
 
135 aa  70.1  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3816  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.33 
 
 
130 aa  68.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.496132  normal  0.533485 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2817  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.81 
 
 
130 aa  68.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09880  hypothetical protein  39.6 
 
 
133 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232059  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>