107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5364 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5364  chorismate lyase  100 
 
 		 185 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.327053 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5317  chorismate lyase  97.3 
 
 		 185 aa  362  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0226154 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5225  chorismate lyase  96.76 
 
 		 185 aa  361  3e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.318873 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0157  chorismate lyase  91.3 
 
 		 185 aa  336  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.426591 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5603  chorismate lyase  70.11 
 
 		 183 aa  237  5.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5030  chorismate lyase  62.5 
 
 		 186 aa  221  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.328849 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4410  chorismate lyase  67.26 
 
 		 183 aa  215  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0608691 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70720  hypothetical protein  64.88 
 
 		 178 aa  209  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6134  hypothetical protein  63.37 
 
 		 178 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5475  chorismate-pyruvate lyase, putative  58.06 
 
 		 186 aa  205  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48500  Chorismate lyase  59.06 
 
 		 183 aa  181  5.0000000000000004e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00071  hypothetical chorismate pyruvate lyase  37.22 
 
 		 189 aa  98.6  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0464  chorismate lyase  42.29 
 
 		 187 aa  96.3  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3623  putative chorismate--pyruvate lyase  37.57 
 
 		 187 aa  94.7  6e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.146311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0710  chorismate lyase  38.99 
 
 		 185 aa  94  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00949148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4148  chorismate lyase  35.16 
 
 		 185 aa  89.4  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4431  chorismate lyase  33.88 
 
 		 187 aa  87.4  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000175928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2612  chorismate lyase  35.44 
 
 		 180 aa  86.7  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3594  chorismate lyase  37.04 
 
 		 188 aa  86.7  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4826  chorismate lyase  35.14 
 
 		 186 aa  85.9  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1335  chorismate--pyruvate lyase, putative  38.56 
 
 		 162 aa  83.2  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0126  chorismate lyase  34.59 
 
 		 186 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0126  chorismate lyase  33.87 
 
 		 190 aa  81.3  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000642839 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0125  chorismate lyase  33.87 
 
 		 187 aa  80.9  0.000000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.145702  decreased coverage  0.0000000241246 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0120  chorismate lyase  33.87 
 
 		 189 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126883 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4229  chorismate lyase  32.46 
 
 		 187 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0125  chorismate lyase  32.46 
 
 		 187 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2049  chorismate--pyruvate lyase  31.52 
 
 		 185 aa  80.9  0.00000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0130  chorismate lyase  32.46 
 
 		 191 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0141  putative chorismate--pyruvate lyase  31.52 
 
 		 185 aa  80.5  0.00000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.52164  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0129  Chorismate lyase  32.46 
 
 		 187 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0131  chorismate pyruvate lyase  33.51 
 
 		 189 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0066  chorismate lyase  37.82 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.540538  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2439  chorismate lyase  36.94 
 
 		 182 aa  77.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.147403 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3743  chorismate lyase  31.67 
 
 		 188 aa  77.8  0.00000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.219217  hitchhiker  0.000343394 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0125  putative chorismate--pyruvate lyase  36.36 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3954  Chorismate lyase  31.76 
 
 		 165 aa  75.1  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0095  chorismate lyase  31.25 
 
 		 189 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.179441  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3251  chorismate lyase  38.46 
 
 		 183 aa  75.1  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03911  chorismate pyruvate lyase  33.33 
 
 		 165 aa  74.7  0.0000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3325  chorismate lyase  40.49 
 
 		 227 aa  74.3  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4279  chorismate pyruvate lyase  33.33 
 
 		 165 aa  74.7  0.0000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4592  chorismate pyruvate lyase  33.33 
 
 		 165 aa  74.7  0.0000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.65475  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3989  chorismate pyruvate lyase  33.33 
 
 		 165 aa  74.7  0.0000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.342551 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4501  chorismate pyruvate lyase  33.33 
 
 		 165 aa  74.7  0.0000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4558  chorismate pyruvate lyase  33.33 
 
 		 165 aa  74.7  0.0000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03871  hypothetical protein  33.33 
 
 		 165 aa  74.7  0.0000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.835565  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0048  chorismate lyase  33.51 
 
 		 204 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3468  chorismate lyase  32.8 
 
 		 186 aa  73.9  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.959595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0243  chorismate pyruvate lyase  33.11 
 
 		 165 aa  73.9  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1215  chorismate lyase superfamily protein  36.65 
 
 		 184 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1221  Chorismate lyase  39.75 
 
 		 227 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5520  chorismate pyruvate lyase  31.18 
 
 		 165 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.272447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0823  Chorismate lyase  38.65 
 
 		 197 aa  72.8  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0956  chorismate lyase family protein  38.04 
 
 		 200 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.102377  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1159  chorismate--pyruvate lyase  38.55 
 
 		 197 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1168  chorismate--pyruvate lyase  38.55 
 
 		 200 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4425  chorismate pyruvate lyase  33.78 
 
 		 165 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100423 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3015  chorismate lyase  37.18 
 
 		 197 aa  69.7  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651165  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2382  chorismate lyase  35.68 
 
 		 197 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1946  chorismate lyase family protein  37.95 
 
 		 197 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.201779  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1319  chorismate lyase family protein  37.95 
 
 		 200 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1734  chorismate lyase  35.29 
 
 		 198 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2346  chorismate lyase  35.29 
 
 		 198 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1006  chorismate lyase family protein  37.95 
 
 		 200 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.998133  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0858  chorismate lyase family protein  37.95 
 
 		 201 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0290  chorismate lyase family protein  37.95 
 
 		 200 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4576  chorismate pyruvate lyase  33.11 
 
 		 165 aa  68.2  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.464602  normal  0.0352552 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4575  chorismate pyruvate lyase  33.11 
 
 		 165 aa  68.2  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4490  chorismate pyruvate lyase  33.11 
 
 		 165 aa  68.2  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.232618  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4627  chorismate pyruvate lyase  33.11 
 
 		 165 aa  68.2  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.270664 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3058  chorismate lyase  35.71 
 
 		 220 aa  66.6  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0224011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4464  chorismate pyruvate lyase  33.33 
 
 		 174 aa  66.6  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0933  chorismate lyase  36.97 
 
 		 204 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2367  chorismate lyase  34.59 
 
 		 198 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2262  chorismate lyase  35.14 
 
 		 197 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.252501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0729  chorismate pyruvate lyase  28.9 
 
 		 177 aa  66.2  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5685  chorismate lyase  35.76 
 
 		 198 aa  65.1  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0966  chorismate lyase  39.47 
 
 		 198 aa  65.1  0.0000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0938345  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2154  chorismate lyase  30.46 
 
 		 185 aa  64.7  0.0000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0510  chorismate pyruvate lyase  28.49 
 
 		 177 aa  64.7  0.0000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0971  chorismate pyruvate lyase  28.24 
 
 		 171 aa  63.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00931015  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3528  Chorismate lyase  30.72 
 
 		 171 aa  64.3  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0053  chorismate lyase  34.62 
 
 		 178 aa  63.5  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.147887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2111  chorismate lyase  37.5 
 
 		 230 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.184267 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3252  chorismate lyase  37.82 
 
 		 176 aa  62.8  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000207582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2859  chorismate lyase  37.82 
 
 		 194 aa  61.6  0.000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2420  chorismate--pyruvate lyase  31.97 
 
 		 183 aa  59.7  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.27443  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4398  chorismate lyase  28.14 
 
 		 186 aa  58.9  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2780  hypothetical protein  35.85 
 
 		 176 aa  58.5  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.176082 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3774  chorismate pyruvate lyase  31.29 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0678  chorismate pyruvate lyase  31.29 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3864  chorismate pyruvate lyase  31.29 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3402  Chorismate lyase  35.05 
 
 		 171 aa  58.2  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.750194  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0317  chorismate lyase  32.7 
 
 		 168 aa  57.4  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3024  Chorismate lyase  35.22 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2614  Chorismate lyase  35.85 
 
 		 192 aa  57  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.815616 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2084  chorismate lyase  29.07 
 
 		 169 aa  54.3  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.133367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00273  chorismate lyase  32.08 
 
 		 179 aa  54.3  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0150  chorismate lyase  31.51 
 
 		 167 aa  53.5  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>