More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_R0003 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_R0003  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_R0061  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_R0063  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.148194  normal  0.284385 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_R0062  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0003  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138576  hitchhiker  0.000360395 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0056  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0059  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0075  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.928415 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0077  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.931993 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0076  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.931993 
 
 
-
 
NC_006368  lppt41  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt41  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0019  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.904201 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0001  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.274994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0029  tRNA-Met  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0002  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0064  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0002  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0002  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0029  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.603612  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0064  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.208195 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0054  tRNA-Met  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3280  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3281  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3282  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3283  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3284  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3285  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00051  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00052  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00053  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00057  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3227  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0186102  normal  0.434912 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0017  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.687744  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0018  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.701161  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0019  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.69794  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0039  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3315  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.583787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0020  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.798024  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3202  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.148125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3216  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3479  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.344656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4276  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000119762  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0019  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2957  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.220059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2955  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.14009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3661  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.677335  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3547  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.226089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0003  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  hitchhiker  0.00215026  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0042  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000000238456  normal  0.634383 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3153  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.311913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5065  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.133786  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0088  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0282515  hitchhiker  0.000000388022 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4492  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3990  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000448395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3584  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4696  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0026  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.116452  normal  0.378312 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3226  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0172509  normal  0.439997 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0034  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0080  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0693639  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0020  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0030  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0014  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3467  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.139541  normal  0.865403 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2956  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.211186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0013  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000085866 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3215  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3185  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3201  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.145985  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0062  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3183  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4212  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.353774  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0013  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.474812  normal  0.0245771 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4214  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.426963  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0020  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4693  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.83874  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4213  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.355481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4700  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00322718  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5064  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.133339  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5071  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.102189  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5066  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.126908  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4081  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0905537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3135  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.369915  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3136  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.364243  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3478  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3646  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3316  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.863126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4080  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0909328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4079  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0890507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0043  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.399945  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0069  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0052  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00733518  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0081  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0699076  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0081  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0120643  normal  0.12492 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3152  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.469971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAMetVIMSS1309196  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.868171  hitchhiker  0.00000970855 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0021  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0082  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0688432  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0068  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>