26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2263 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2263  peptidase S14, ClpP  100 
 
 		 183 aa  384  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168754  normal  0.0339851 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3110  hypothetical protein  65.93 
 
 		 184 aa  255  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00654762  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2643  peptidase S14 ClpP  65.93 
 
 		 183 aa  255  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00556113  normal  0.503778 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2493  peptidase S14, ClpP  65.38 
 
 		 183 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36350  hypothetical protein  63.74 
 
 		 184 aa  252  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0193577  normal  0.867285 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3267  Clp protease, putative  64.84 
 
 		 198 aa  252  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2629  peptidase S14 ClpP  64.29 
 
 		 183 aa  250  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.358481 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02290  clp protease  73.24 
 
 		 142 aa  223  9e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25250  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  28.66 
 
 		 212 aa  50.1  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0560465  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28390  protease subunit of ATP-dependent protease  32.31 
 
 		 197 aa  45.8  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.10817 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1531  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit ClpP  28.57 
 
 		 208 aa  45.8  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.307133  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1568  Endopeptidase Clp  22.22 
 
 		 195 aa  45.4  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.463332  normal  0.0340848 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2588  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  26.92 
 
 		 218 aa  43.9  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3583  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  33.33 
 
 		 195 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.117643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3651  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  33.33 
 
 		 195 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.422655  normal  0.394425 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2737  ClpP1 peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S14  23.9 
 
 		 200 aa  43.5  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3578  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  33.33 
 
 		 195 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09663  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  26.53 
 
 		 182 aa  43.5  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.409617  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4040  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  33.33 
 
 		 194 aa  42.7  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0563268  normal  0.405565 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3078  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  22.95 
 
 		 205 aa  42  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2052  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  23.46 
 
 		 201 aa  42  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.913784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2194  ClpP1 peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S14  22.79 
 
 		 203 aa  42  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12486  ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit  22.81 
 
 		 200 aa  41.6  0.006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0386  ATP-dependent Clp protease, proteolytic subunit ClpP  23.39 
 
 		 210 aa  41.2  0.007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.3622  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7291  Endopeptidase Clp  20.81 
 
 		 214 aa  41.2  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.800235 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5206  Endopeptidase Clp  28 
 
 		 211 aa  41.2  0.009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>