43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4197 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3931  hypothetical protein  96.48 
 
 		 398 aa  776    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4197  hypothetical protein  100 
 
 		 398 aa  804    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982148  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2087  hypothetical protein  57.81 
 
 		 396 aa  436  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0716956 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5885  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  55.3 
 
 		 405 aa  404  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29258  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1216  signal peptide prediction  48.7 
 
 		 428 aa  388  1e-107  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1002  hypothetical protein  50.9 
 
 		 412 aa  390  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.290932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01580  signal peptide prediction  46.63 
 
 		 427 aa  373  1e-102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2912  signal peptide prediction  45.62 
 
 		 423 aa  367  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.511961 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3722  signal peptide prediction  43.01 
 
 		 435 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6278  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  37.53 
 
 		 429 aa  294  2e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2658  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  38.05 
 
 		 432 aa  289  7e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2919  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  37.79 
 
 		 432 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4063  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  36.25 
 
 		 421 aa  279  7e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.797968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3337  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  35.99 
 
 		 421 aa  278  2e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.874781  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5902  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  35.22 
 
 		 433 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.950335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5257  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  35.9 
 
 		 431 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.726657 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3636  hypothetical protein  35.38 
 
 		 421 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1361  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  35.9 
 
 		 431 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.721333  normal  0.0486797 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2893  putative ABC transporter substrate-binding protein  35.38 
 
 		 429 aa  273  6e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2472  twin-arginine translocation pathway signal  36.5 
 
 		 433 aa  271  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0101  ABC transporter substrate-binding protein  35.99 
 
 		 427 aa  269  5e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0635162  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3534  twin-arginine translocation pathway signal  34.7 
 
 		 422 aa  265  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393147  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1010  twin-arginine translocation pathway signal  34.7 
 
 		 431 aa  264  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.617003  hitchhiker  0.00435801 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4739  ABC transporter substrate-binding protein  35.48 
 
 		 426 aa  263  4e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3269  twin-arginine translocation pathway signal  34.19 
 
 		 429 aa  261  1e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3943  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  34.7 
 
 		 420 aa  261  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.627454  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1905  putative ABC transporter substrate-binding protein  36.36 
 
 		 421 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3374  ABC transporter substrate-binding protein  34.45 
 
 		 415 aa  257  3e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.76232 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0208  twin-arginine translocation pathway signal  33.76 
 
 		 435 aa  250  3e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0825185 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7129  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  32.82 
 
 		 435 aa  233  6e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5880  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  29.9 
 
 		 437 aa  154  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0997  putative substrate-binding component of ABC transporter  28.21 
 
 		 406 aa  150  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.88303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5836  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  28.49 
 
 		 392 aa  84.7  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.174731  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1052  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  26.15 
 
 		 389 aa  79.7  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3955  twin-arginine translocation pathway signal  30.3 
 
 		 374 aa  51.6  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6036  extracellular solute-binding protein family 1  28.95 
 
 		 358 aa  50.8  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.62779 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4308  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 369 aa  48.5  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00256094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3578  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  31.48 
 
 		 371 aa  47.4  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0540858  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  26.17 
 
 		 351 aa  47  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0815  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.09 
 
 		 348 aa  45.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2141  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.09 
 
 		 348 aa  45.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.315963  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4502  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.65 
 
 		 360 aa  43.9  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0125  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  26.79 
 
 		 343 aa  43.5  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.961154  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>