60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3041 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3041  high-affinity nickel-transporter  100 
 
 		 357 aa  714    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.167253  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1234  high-affinity nickel-transporter  90.76 
 
 		 357 aa  598  1e-170  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.898271  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0439  Ni2+-Co2+ transporter (NiCoT) family protein  58.49 
 
 		 340 aa  375  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000891132  hitchhiker  0.0000143481 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1272  high-affinity nickel-transporter  58.49 
 
 		 340 aa  375  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000384765  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1164  Ni2+-Co2+ transporter (NiCoT) family protein  58.49 
 
 		 340 aa  375  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000293484  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2759  high-affinity nickel-transporter  58.28 
 
 		 351 aa  352  5e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3631  high-affinity nickel-transporter  61.83 
 
 		 340 aa  345  5e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0473418  normal  0.881878 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1096  high-affinity nickel-transporter  56.55 
 
 		 345 aa  340  2e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.767185  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3031  high-affinity nickel-transporter  50.99 
 
 		 326 aa  323  2e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.32654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2813  high-affinity nickel-transporter  50.78 
 
 		 328 aa  315  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.774506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2792  high-affinity nickel-transporter  50.78 
 
 		 328 aa  314  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2926  high-affinity nickel-transporter  50.78 
 
 		 328 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2751  high-affinity nickel-transporter  50.63 
 
 		 328 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2706  high-affinity nickel-transporter  49.84 
 
 		 328 aa  311  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.629931  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1079  permease  37.05 
 
 		 335 aa  198  2.0000000000000003e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0887396  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1976  putative nickel transporter  35.49 
 
 		 319 aa  172  5.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0316  high-affinity nickel-transporter  33.55 
 
 		 349 aa  160  3e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0121429 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2976  high-affinity nickel-transporter  36.21 
 
 		 342 aa  156  6e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3208  high-affinity nickel-transporter  36.58 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0088  hypothetical protein  30.33 
 
 		 360 aa  145  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.417064  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0096  hypothetical protein  30.33 
 
 		 367 aa  145  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.977897  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4249  high-affinity nickel-transporter  29 
 
 		 367 aa  133  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.470943  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3811  hypothetical protein  29.25 
 
 		 389 aa  130  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.397121  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3393  high-affinity nickel-transporter  33.33 
 
 		 358 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0166136 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3692  high-affinity nickel-transporter  32.14 
 
 		 358 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1782  high-affinity nickel-transporter  35.9 
 
 		 346 aa  125  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0081  high-affinity nickel-transporter  30.91 
 
 		 383 aa  125  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.940198 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2775  high-affinity nickel-transporter  31 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4841  high-affinity nickel-transporter  30.17 
 
 		 390 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0674  high-affinity nickel-transporter  33.97 
 
 		 372 aa  122  7e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00986195 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0860  high-affinity nickel-transporter  28.29 
 
 		 389 aa  122  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0391  high-affinity nickel-transporter  31.44 
 
 		 342 aa  121  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.335647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2202  high-affinity nickel-transporter  28.48 
 
 		 323 aa  120  4.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.132612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2711  high-affinity nickel-transporter  30.08 
 
 		 359 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.733355  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1398  high-affinity nickel-transporter  30.88 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0677472  normal  0.0633291 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4543  high-affinity nickel-transporter  28.2 
 
 		 398 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.47672  normal  0.619069 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2905  high-affinity nickel-transporter  32.44 
 
 		 381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.101757 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1678  high-affinity nickel-transporter  31.18 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0510109  normal  0.482809 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1403  high-affinity nickel-transporter  31.18 
 
 		 337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.198577  normal  0.0338124 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2245  high-affinity nickel-transporter  31.72 
 
 		 330 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1753  high-affinity nickel-transporter  37.56 
 
 		 329 aa  107  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0277  high-affinity nickel-transporter  34.91 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.66329  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0291  high-affinity nickel-transporter  30.49 
 
 		 319 aa  100  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.413944  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1480  high-affinity nickel-transporter  28.41 
 
 		 247 aa  88.6  2e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1929  high-affinity nickel-transporter  30 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.495072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4270  high-affinity nickel-transporter  28.57 
 
 		 374 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.577048  normal  0.743573 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2333  high-affinity nickel-transporter  31.72 
 
 		 337 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.144614  normal  0.152273 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0942  high-affinity nickel-transporter  40.91 
 
 		 384 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0338054  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1353  putative high affinity nickel transporter  35.04 
 
 		 406 aa  70.1  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.85251  normal  0.315811 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0285  ABC-type uncharacterized transport system permease component-like  25 
 
 		 366 aa  68.9  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0371568  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0096  transporter, Ni2+-Co2+ transporter  27.09 
 
 		 505 aa  67.4  0.0000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00355357  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1499  transporter, Ni2+-Co2+ transporter  23.95 
 
 		 490 aa  62  0.00000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.844578  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1792  tRNA pseudouridine synthase B  28.98 
 
 		 497 aa  62  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0753  high-affinity nickel-transporter  26.73 
 
 		 318 aa  60.5  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0000315045  normal  0.331019 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0116  hypothetical protein  23 
 
 		 293 aa  59.3  0.00000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.27353  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1730  Ni2+-Co2+ transporter (NiCoT) family protein  22.31 
 
 		 513 aa  58.2  0.0000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2047  high-affinity nickel-transporter  22.89 
 
 		 249 aa  58.5  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.035095  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1269  high-affinity nickel-transporter  24.68 
 
 		 208 aa  47  0.0005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3677  high-affinity nickel-transporter  32.79 
 
 		 207 aa  46.2  0.0008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.841534  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1737  high-affinity nickel-transporter  34.44 
 
 		 360 aa  42.7  0.01  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.284781  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>