44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01580 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01580  signal peptide prediction  100 
 
 		 427 aa  884    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2912  signal peptide prediction  69.71 
 
 		 423 aa  608  1e-173  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.511961 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3722  signal peptide prediction  65.57 
 
 		 435 aa  585  1e-166  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1216  signal peptide prediction  62.91 
 
 		 428 aa  559  1e-158  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1002  hypothetical protein  45.05 
 
 		 412 aa  382  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.290932  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4197  hypothetical protein  46.63 
 
 		 398 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982148  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5885  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  46.94 
 
 		 405 aa  372  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29258  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3931  hypothetical protein  46.11 
 
 		 398 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2087  hypothetical protein  44.85 
 
 		 396 aa  330  2e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0716956 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1010  twin-arginine translocation pathway signal  35.42 
 
 		 431 aa  266  4e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.617003  hitchhiker  0.00435801 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3534  twin-arginine translocation pathway signal  35.31 
 
 		 422 aa  266  5e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393147  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3269  twin-arginine translocation pathway signal  35.73 
 
 		 429 aa  266  7e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2919  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  36.76 
 
 		 432 aa  265  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6278  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  35.93 
 
 		 429 aa  263  4e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3374  ABC transporter substrate-binding protein  34.69 
 
 		 415 aa  262  8.999999999999999e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.76232 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4063  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  34.96 
 
 		 421 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.797968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3337  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  34.7 
 
 		 421 aa  260  4e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.874781  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2658  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  36.25 
 
 		 432 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2893  putative ABC transporter substrate-binding protein  35.07 
 
 		 429 aa  258  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0208  twin-arginine translocation pathway signal  34.74 
 
 		 435 aa  255  1.0000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0825185 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0101  ABC transporter substrate-binding protein  35.1 
 
 		 427 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0635162  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3943  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  36.58 
 
 		 420 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.627454  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3636  hypothetical protein  35.14 
 
 		 421 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4739  ABC transporter substrate-binding protein  35.52 
 
 		 426 aa  251  2e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5902  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  33.33 
 
 		 433 aa  249  7e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.950335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5257  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  33.98 
 
 		 431 aa  246  6e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.726657 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2472  twin-arginine translocation pathway signal  33.73 
 
 		 433 aa  244  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1905  putative ABC transporter substrate-binding protein  34.44 
 
 		 421 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1361  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  34.22 
 
 		 431 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.721333  normal  0.0486797 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7129  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  33.85 
 
 		 435 aa  221  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0997  putative substrate-binding component of ABC transporter  29.6 
 
 		 406 aa  159  8e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.88303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5880  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  29.4 
 
 		 437 aa  157  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1052  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  26.09 
 
 		 389 aa  78.2  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5836  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  25.81 
 
 		 392 aa  62.8  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.174731  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0815  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.29 
 
 		 348 aa  48.9  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2141  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.29 
 
 		 348 aa  48.9  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.315963  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3635  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 		 358 aa  47.4  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.248377 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3851  extracellular solute-binding protein family 1  24.69 
 
 		 353 aa  47  0.0006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0852756  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4308  extracellular solute-binding protein  21.61 
 
 		 369 aa  45.8  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00256094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3377  extracellular solute-binding protein family 1  21.84 
 
 		 414 aa  45.8  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107966  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  22.62 
 
 		 360 aa  44.7  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0148  extracellular solute-binding protein family 1  25.12 
 
 		 389 aa  44.3  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.934394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  22.65 
 
 		 355 aa  43.1  0.009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  31.4 
 
 		 340 aa  43.1  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>