295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_R0021 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  91.36 
 
 		 91 bp  105  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  91.36 
 
 		 91 bp  105  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0056  tRNA-Ser  90.43 
 
 		 94 bp  101  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.124378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 92 bp  95.6  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 92 bp  95.6  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 92 bp  95.6  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 92 bp  95.6  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 92 bp  95.6  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 92 bp  95.6  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 92 bp  95.6  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 92 bp  95.6  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 92 bp  95.6  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 92 bp  95.6  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0006  tRNA-Ser  88.76 
 
 		 93 bp  91.7  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.214474  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0033  tRNA-Ser  88.76 
 
 		 93 bp  91.7  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0038  tRNA-Ser  88.76 
 
 		 93 bp  91.7  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0662946  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0029  tRNA-Ser  88.76 
 
 		 93 bp  91.7  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.373926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0030  tRNA-Ser  88.76 
 
 		 93 bp  91.7  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.924636  hitchhiker  0.0000671123 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0043  tRNA-Ser  88.76 
 
 		 93 bp  91.7  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  0.0403391 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0021  tRNA-Ser  88.76 
 
 		 93 bp  91.7  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.690365 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0060  tRNA-Ser  88.76 
 
 		 93 bp  91.7  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  87.7  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  87.7  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  87.7  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  87.7  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  87.7  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  87.7  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 92 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  89.02 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0066  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 93 bp  81.8  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00121253  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  89.16 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0059  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.233723  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  89.16 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04528  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0104134  normal  0.589043 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  89.16 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0027  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.614719  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0114539  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0009  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00103518  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2675  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0059  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00785385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  89.16 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  89.16 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1946  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2538  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.536937  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0051  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0325227  normal  0.449297 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0046  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960989  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0013  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0131326  normal  0.0455197 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1426  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0014  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000010946  hitchhiker  0.00318065 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0044  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.134546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0091  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0220813  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3162  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.635575  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0059  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.102937  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0057  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.701853  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2590  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0016  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.59957 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0029  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0112304  hitchhiker  0.00398859 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0027  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.113277  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2153  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 94 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  87.8 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0886  tRNA-Ser  87.8 
 
 		 94 bp  75.8  0.000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000841076  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  87.65 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  87.65 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  87.65 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0067  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198347  normal  0.511867 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 93 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 94 bp  69.9  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12720  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.376956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0039  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151181 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0048  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214676 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6023  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t68  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.613461  normal  0.197969 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>