299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0079 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0079  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.599912 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0061  tRNA-Lys  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0004  tRNA-Lys  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.953121  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0007  tRNA-Lys  93.06 
 
 
76 bp  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0050  tRNA-Lys  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0020  tRNA-Lys  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000000503685  hitchhiker  0.000000175517 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0059  tRNA-Lys  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00316433  unclonable  0.00000584596 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0053  tRNA-Lys  88.89 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0036  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000208543  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0060  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000089379  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0055  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0061  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000433074  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0037  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000219335  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0593  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0061  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0034  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.130491  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0037  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.813487  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0032  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0060  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000424402  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0059  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000364263  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0049  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0038  tRNA-Lys  97.37 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t13  tRNA-Lys  90.57 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0009  tRNA-Lys  90.57 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000774106  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0020  tRNA-Lys  90.57 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000489329  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0015  tRNA-Lys  90.57 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0122197  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00015  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000191141  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00017  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000192994  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00019  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000148305  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00020  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000893076  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00021  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000923528  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00044  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000150882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0031  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000115429  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0054  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000153086  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0055  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0056  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000193092  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0058  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0060  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.42893e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0851  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000156782  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0073  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623521  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0067  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000904848  normal  0.171031 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5022  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000229653  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0666  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000300232  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0667  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000201635  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0850  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000232917  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0848  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000163813  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0846  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000774084  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2783  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000664691  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0850  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000147558  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0770  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000739048  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0766  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000107183  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0814  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000653999  normal  0.868526 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2611  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000669523  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0912  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000796391  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2677  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000682984  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0819  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00259722  normal  0.860753 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0583  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.0474e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2562  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000496401  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0791  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000523081  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0790  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000513232  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0849  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000240057  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3637  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000142808  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0847  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000390695  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5024  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000192703  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2653  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000100151  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0914  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00299475  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4657  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.396889999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4660  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.11514e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4659  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  8.951839999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4655  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  8.59319e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5023  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198459  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5020  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4661  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000171362  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0068  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000208772  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0036  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000584737  hitchhiker  0.00132337 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5052  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000715976  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0071  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000577417  normal  0.268649 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0771  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000162037  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0768  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000959618  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0069  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000622929  normal  0.276829 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0816  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000928863  normal  0.881933 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2783  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.45376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2557  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000373976  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0880  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000131793  normal  0.645347 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0878  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal  0.655098 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0818  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0005423  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0882  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000105642  normal  0.563094 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0913  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000921732  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0910  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000110195  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0881  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000114507  normal  0.568904 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0817  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000862266  normal  0.885127 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0772  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175235  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0036  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000225732  normal  0.109866 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0038  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000184687  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0039  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375421  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0040  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351036  normal  0.107458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0064  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000662129  normal  0.0840838 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0787  tRNA-Lys  85.53 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000114753  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>