28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4061 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4061  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 245 aa  498  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.859423 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3581  XRE family transcriptional regulator  99.59 
 
 		 245 aa  496  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.367106 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4193  XRE family transcriptional regulator  96.31 
 
 		 245 aa  477  1e-134  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.177463  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3343  helix-turn-helix domain-containing protein  96.31 
 
 		 245 aa  477  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4174  XRE family transcriptional regulator  96.31 
 
 		 245 aa  477  1e-134  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.383217  normal  0.0580718 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1857  XRE family transcriptional regulator  90.61 
 
 		 245 aa  434  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.293754 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1901  XRE family transcriptional regulator  62.55 
 
 		 246 aa  310  1e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01350  transcriptional regulator, XRE family  55.92 
 
 		 245 aa  260  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0535  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 246 aa  194  8.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.003613 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3530  hypothetical protein  39.5 
 
 		 243 aa  187  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000569  predicted transcriptional regulator  41.88 
 
 		 252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0454  XRE family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 243 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.154754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3879  XRE family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 247 aa  181  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.633832  normal  0.478998 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3152  helix-turn-helix domain protein  37.96 
 
 		 247 aa  181  1e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.769189  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0307  helix-turn-helix domain-containing protein  38.68 
 
 		 243 aa  180  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05315  hypothetical protein  39.75 
 
 		 245 aa  179  4e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4499  XRE family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 243 aa  179  4e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.144103 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5081  helix-turn-helix domain protein  37.45 
 
 		 244 aa  176  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2371  XRE family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 245 aa  173  2.9999999999999996e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000292572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3619  XRE family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 255 aa  170  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3062  helix-turn-helix domain-containing protein  39.59 
 
 		 245 aa  170  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.119548 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3109  transcriptional regulator  37.61 
 
 		 246 aa  156  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.11799 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00769  protein containing HTH domain  31.69 
 
 		 244 aa  156  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01701  hypothetical protein  56.79 
 
 		 81 aa  93.2  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1482  XRE family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 248 aa  61.6  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3283  helix-turn-helix domain-containing protein  23.4 
 
 		 253 aa  57.4  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.323372 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3632  hypothetical protein  27.14 
 
 		 225 aa  53.1  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06896  hypothetical protein  21.18 
 
 		 255 aa  43.9  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>