166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002014 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_002014  ribonuclease P protein component  100 
 
 
107 aa  220  6e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.92203e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00437  ribonuclease P  96.26 
 
 
118 aa  214  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2513  ribonuclease P  85.05 
 
 
118 aa  188  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.77039e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0004  ribonuclease P  81.31 
 
 
117 aa  184  5e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00123584  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3609  ribonuclease P protein component  57.01 
 
 
118 aa  130  7e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4151  ribonuclease P protein component  55.14 
 
 
108 aa  125  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  7.47963e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4232  ribonuclease P  54.21 
 
 
119 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000722418  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4068  ribonuclease P  54.21 
 
 
119 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  5.99062e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4053  ribonuclease P  54.21 
 
 
119 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000316737  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4125  ribonuclease P  54.21 
 
 
119 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00333224  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4175  ribonuclease P  54.21 
 
 
119 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.936833  normal  0.955569 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4262  ribonuclease P protein component  54.21 
 
 
108 aa  120  5e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.117782  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4291  ribonuclease P  53.27 
 
 
108 aa  120  7e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000762  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4214  ribonuclease P  53.27 
 
 
119 aa  119  1e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.96678e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3917  ribonuclease P  53.27 
 
 
119 aa  119  1e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.73614e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4221  ribonuclease P  53.27 
 
 
119 aa  119  1e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4071  ribonuclease P  53.27 
 
 
119 aa  119  1e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00679811  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4248  ribonuclease P  55.34 
 
 
108 aa  119  1e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  1.57593e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03587  ribonuclease P  53.27 
 
 
119 aa  119  1e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.201936  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03531  hypothetical protein  53.27 
 
 
119 aa  119  1e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.118507  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0030  ribonuclease P  55.34 
 
 
119 aa  119  1e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00687472  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4155  ribonuclease P  54.37 
 
 
119 aa  118  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.58759e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4266  ribonuclease P  54.37 
 
 
119 aa  118  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000515429  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4037  ribonuclease P  54 
 
 
119 aa  117  4e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.438672  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5134  ribonuclease P  52.34 
 
 
119 aa  117  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00130238  normal  0.0222111 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135  ribonuclease P  54 
 
 
119 aa  113  7e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  1.66605e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0011  ribonuclease P  52.43 
 
 
118 aa  112  2e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  6.76804e-10  hitchhiker  0.000546181 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4314  ribonuclease P protein component  49.51 
 
 
120 aa  108  2e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00101008  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4004  ribonuclease P  44.86 
 
 
118 aa  100  7e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.19749e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52470  ribonuclease P  47.12 
 
 
130 aa  100  8e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0008  ribonuclease P  44.86 
 
 
118 aa  100  9e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  4.50646e-09  unclonable  3.97397e-11 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3942  ribonuclease P  44.86 
 
 
118 aa  100  9e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.39461e-09  unclonable  2.08872e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4034  ribonuclease P  44.86 
 
 
118 aa  100  9e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  3.19179e-06  hitchhiker  0.000155322 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4622  ribonuclease P  49.54 
 
 
134 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0001  ribonuclease P  46.15 
 
 
134 aa  99  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0006  ribonuclease P  43.93 
 
 
118 aa  99  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4327  ribonuclease P  43.93 
 
 
118 aa  98.2  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  7.94478e-11  unclonable  1.88803e-12 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4382  ribonuclease P  43.93 
 
 
118 aa  98.2  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.48711e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4523  ribonuclease P  43.93 
 
 
118 aa  98.2  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  2.1378e-08  hitchhiker  0.000108776 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0008  ribonuclease P  46.15 
 
 
134 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  2.55186e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4381  ribonuclease P  43.93 
 
 
118 aa  98.2  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.90839e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5311  ribonuclease P  46.15 
 
 
134 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0346243 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5614  ribonuclease P protein component  45.19 
 
 
133 aa  97.4  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5136  ribonuclease P  45.19 
 
 
133 aa  97.4  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3777  ribonuclease P  43.93 
 
 
118 aa  96.7  9e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  5.56747e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5745  ribonuclease P  45.19 
 
 
133 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00936025  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4065  ribonuclease P  42.99 
 
 
118 aa  96.7  9e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.40717e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73420  ribonuclease P  48.08 
 
 
135 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0472215  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4259  ribonuclease P  42.99 
 
 
120 aa  95.5  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  7.42435e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6370  ribonuclease P  47.12 
 
 
135 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3035  ribonuclease P protein component  42.99 
 
 
128 aa  94.7  4e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.216945  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3868  ribonuclease P  42.06 
 
 
120 aa  94  6e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.77263e-09  unclonable  2.45558e-06 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4931  ribonuclease P  41.12 
 
 
119 aa  93.2  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  5.9586e-09  unclonable  7.49508e-09 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2198  ribonuclease P protein component  42.72 
 
 
162 aa  92.8  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000952989  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0004  ribonuclease P  41.12 
 
 
120 aa  92  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  9.36038e-09  unclonable  6.97895e-11 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0134  ribonuclease P protein component  43.69 
 
 
115 aa  91.7  3e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0423414  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5052  ribonuclease P protein component  42.34 
 
 
128 aa  87.8  5e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.107995  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2883  ribonuclease P protein component  39.22 
 
 
123 aa  84  7e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0117467  normal  0.419637 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3317  ribonuclease P  38.32 
 
 
128 aa  82.4  2e-15  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4016  ribonuclease P protein component  43.14 
 
 
135 aa  82.4  2e-15  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0116419  normal  0.164418 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3088  ribonuclease P protein  36.73 
 
 
119 aa  82.4  2e-15  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3320  ribonuclease P protein component  38.24 
 
 
120 aa  78.6  3e-14  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1229  ribonuclease P protein component  36.7 
 
 
122 aa  77  7e-14  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0151351  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4486  ribonuclease P protein component  37.74 
 
 
132 aa  73.6  8e-13  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  1.75876e-05  hitchhiker  1.29187e-09 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0001  ribonuclease P protein component  41.76 
 
 
123 aa  69.7  1e-11  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0001269  unclonable  4.73513e-05 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2390  ribonuclease P protein component  42.86 
 
 
130 aa  69.7  1e-11  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.02633e-08  hitchhiker  7.53131e-08 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3076  hypothetical protein  37.25 
 
 
114 aa  68.9  2e-11  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2932  hypothetical protein  37.25 
 
 
114 aa  68.9  2e-11  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2413  ribonuclease P protein component  33.33 
 
 
123 aa  69.3  2e-11  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0343106  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3897  ribonuclease P protein component  37.04 
 
 
132 aa  68.6  3e-11  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0590207  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2146  ribonuclease P protein component  35.58 
 
 
123 aa  68.2  4e-11  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  1.64935e-11  unclonable  1.1472e-06 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04102  ribonuclease P  56 
 
 
55 aa  66.2  2e-10  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  3.63404e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2602  ribonuclease P protein component  32.35 
 
 
116 aa  63.5  9e-10  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.201057  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1790  ribonuclease P  37.65 
 
 
111 aa  62.8  1e-09  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  2.76815e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  36.54 
 
 
130 aa  62.8  1e-09  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2760  ribonuclease P  35.92 
 
 
127 aa  62  3e-09  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000461705  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0035  ribonuclease P protein component  37.63 
 
 
116 aa  62  3e-09  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.816345  normal  0.309207 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0034  ribonuclease P protein component  37.63 
 
 
116 aa  62  3e-09  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2595  ribonuclease P protein component  41.11 
 
 
119 aa  60.8  5e-09  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0203  ribonuclease P protein component  31.73 
 
 
122 aa  60.5  7e-09  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4044  ribonuclease P protein component  38.04 
 
 
152 aa  60.1  1e-08  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.534814 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2120  ribonuclease P protein component  30.77 
 
 
121 aa  58.9  2e-08  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0002  ribonuclease P  36.47 
 
 
115 aa  57.4  6e-08  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  6.762e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2826  ribonuclease P protein component  47.62 
 
 
99 aa  57  8e-08  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2792  ribonuclease P  34.12 
 
 
117 aa  56.2  1e-07  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.437521  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2735  ribonuclease P  34.12 
 
 
117 aa  56.2  1e-07  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.178342  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03486  ribonuclease P protein component  40.3 
 
 
109 aa  56.2  2e-07  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2225  ribonuclease P  35.64 
 
 
121 aa  55.1  3e-07  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.294731  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2315  ribonuclease P  36 
 
 
121 aa  54.3  6e-07  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5280  ribonuclease P  35.71 
 
 
115 aa  53.9  6e-07  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00507948  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5674  ribonuclease P  34.34 
 
 
115 aa  53.9  8e-07  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0640013  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4027  ribonuclease P  37.5 
 
 
115 aa  53.5  9e-07  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.246151  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1629  ribonuclease P protein component  33 
 
 
131 aa  53.5  1e-06  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.315219  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5168  ribonuclease P  34.34 
 
 
119 aa  52.8  2e-06  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.02449e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5597  ribonuclease P  34.34 
 
 
119 aa  52.8  2e-06  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5184  ribonuclease P  34.34 
 
 
119 aa  52.8  2e-06  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  5.60819e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5340  ribonuclease P  34.34 
 
 
119 aa  52.8  2e-06  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000509102  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5737  ribonuclease P  34.34 
 
 
119 aa  52.8  2e-06  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.123315  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5638  ribonuclease P  34.34 
 
 
115 aa  52.4  2e-06  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.108517  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4369  ribonuclease P protein component  34 
 
 
109 aa  52  3e-06  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.126994  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>