299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0049 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0049  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.858771  hitchhiker  0.000592487 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0015  tRNA-Lys  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0009  tRNA-Lys  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0051  tRNA-Lys  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0146839  normal  0.022056 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0038  tRNA-Lys  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.291722 
 
 
-
 
NC_003295  RS04831  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0006  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.276121  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0045  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000363633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0048  tRNA-Lys  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0035  tRNA-Lys  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.292449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0008  tRNA-Lys  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.054171  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0039  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.569019  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3259  tRNA-Lys  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0064  tRNA-Lys  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0550345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1370  tRNA-Lys  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.598749  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0006  tRNA-Lys  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.736835  normal  0.711036 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0021  tRNA-Lys  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13563  hitchhiker  0.00625278 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys01  tRNA-Lys  95.92 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000157886  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys02  tRNA-Lys  95.92 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000433132  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys03  tRNA-Lys  95.92 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00045675  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0824  tRNA-Lys  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2658  tRNA-Lys  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0806589  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3206  tRNA-Lys  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3244  tRNA-Lys  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.489776  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1952  tRNA-Lys  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0004  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.912706  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1660  tRNA-Lys  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0521  tRNA-Lys  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0036  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0043  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.465009  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0023  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0320395 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0010  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0083  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0081  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0082  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0031  tRNA-Lys  90.16 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25441  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0084  tRNA-Lys  90 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0040  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0001  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0487853  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0028  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.196186  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0035  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198298 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0004  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21987  normal  0.244967 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0060  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000089379  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0061  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000433074  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0037  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000219335  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0036  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000208543  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0059  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000364263  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4250  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000179224  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0018  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000646357  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0032  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4251  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000189937  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0080  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1400  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00524928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2736  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000214586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4252  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000173353  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0034  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.130491  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4253  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  4.87819e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0061  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0037  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.813487  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0049  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000590411  decreased coverage  0.00000280751 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0593  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4226  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108643  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0055  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0060  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000424402  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0062  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000012796  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0063  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152813  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0064  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000141775  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0035  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.073157  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0065  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000124878  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0048  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0030  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.407731  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.205376  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0032  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000262345  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0008  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.40155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0029  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0035  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0989882  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0021  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.674818  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000013123  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0033  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.177696  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0047  tRNA-Lys  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.101191  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0036  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.415695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0043  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0523959 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0091  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000502507  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0026  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0055  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.429653  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0058  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00021  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000923528  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00044  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000150882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0060  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.42893e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0067  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000904848  normal  0.171031 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0766  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000107183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0071  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000577417  normal  0.268649 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0073  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623521  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0768  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000959618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0060  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00703391  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0061  tRNA-Lys  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00295696  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>