71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_R0038 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_R0038  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.291722 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0015  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0049  tRNA-Lys  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.858771  hitchhiker  0.000592487 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0009  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0051  tRNA-Lys  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0146839  normal  0.022056 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0039  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0006  tRNA-Lys  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.276121  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04831  tRNA-Lys  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0045  tRNA-Lys  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000363633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys03  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00045675  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys02  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000433132  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys01  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000157886  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0043  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.465009  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0035  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.292449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0023  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0320395 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0010  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0036  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0048  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0008  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.054171  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0035  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198298 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0031  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0036  tRNA-Lys  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.415695  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0028  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.196186  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0035  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.073157  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0521  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0029  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0032  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000262345  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0030  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.407731  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0033  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.177696  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1660  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0064  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0550345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0016  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0006  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.736835  normal  0.711036 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0048  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2658  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0806589  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1952  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3206  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.569019  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3259  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1370  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.598749  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0035  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0989882  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0021  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.674818  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0021  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13563  hitchhiker  0.00625278 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0824  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3244  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.489776  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0043  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0523959 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0083  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0081  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0082  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0030  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.186528  normal  0.069463 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0004  tRNA-Lys  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21987  normal  0.244967 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0010  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0550905 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0047  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.787632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0021  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.682911  normal  0.0277835 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0059  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000245079  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0055  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.429653  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0004  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0012  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0048  tRNA-Trp  86 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000330801  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0058  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000775366  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0038  tRNA-Lys  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0168892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0039  tRNA-Lys  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0153762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0022  tRNA-Lys  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0035  tRNA-Lys  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0379309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0036  tRNA-Lys  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0360191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0037  tRNA-Lys  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00809358  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>