38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3793 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0721  hypothetical protein  69.29 
 
 		 491 aa  698    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000460382  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3793  hypothetical protein  100 
 
 		 465 aa  954    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000178587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0936  hypothetical protein  74.36 
 
 		 468 aa  731    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000104038  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0675  hypothetical protein  74.27 
 
 		 481 aa  734    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0234348 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0670  hypothetical protein  78.11 
 
 		 469 aa  736    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0810  hypothetical protein  73.5 
 
 		 467 aa  707    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.682214  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0970  hypothetical protein  74.36 
 
 		 468 aa  732    Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000021772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0790  hypothetical protein  85.62 
 
 		 461 aa  817    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0693  hypothetical protein  48.8 
 
 		 454 aa  426  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1184  hypothetical protein  23.39 
 
 		 410 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0905  hypothetical protein  24.63 
 
 		 451 aa  105  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2973  hypothetical protein  27.58 
 
 		 490 aa  100  5e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000455039  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0930  hypothetical protein  22.97 
 
 		 419 aa  99.8  9e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000108303  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0589  phosphate-selective porin O and P  24.95 
 
 		 391 aa  99  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000499281  unclonable  0.0000111386 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0706  putative signal peptide protein  25.97 
 
 		 407 aa  98.2  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.278446  normal  0.126589 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3120  phosphate-selective porin O and P  24.78 
 
 		 390 aa  95.9  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000046634  unclonable  0.00000572585 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1905  hypothetical protein  26.12 
 
 		 505 aa  95.9  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2247  hypothetical protein  25.68 
 
 		 431 aa  93.6  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.310158 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0447  hypothetical protein  22.38 
 
 		 413 aa  91.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3788  phosphate-selective porin O and P  27.22 
 
 		 395 aa  91.7  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000264942  decreased coverage  0.00000068158 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0425  hypothetical protein  22.06 
 
 		 413 aa  91.3  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000166547  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3889  phosphate-selective porin O and P  25.74 
 
 		 395 aa  90.5  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000019269  decreased coverage  0.000370882 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1315  putative signal peptide protein  25.78 
 
 		 372 aa  90.1  8e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000348515  n/a   
 
 
 
NC_011145  AnaeK_2296  hypothetical protein  24.43 
 
 		 448 aa  87.4  5e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.744575  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2384  hypothetical protein  24.43 
 
 		 450 aa  87.4  5e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.537039  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1567  hypothetical protein  24.02 
 
 		 447 aa  87  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0712  phosphate-selective porin O and P  23.47 
 
 		 392 aa  82  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000988796  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4602  hypothetical protein  24.79 
 
 		 392 aa  82  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0638  phosphate-selective porin O and P  24.89 
 
 		 393 aa  80.5  0.00000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000222961  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2944  hypothetical protein  21.98 
 
 		 420 aa  80.5  0.00000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140156  hitchhiker  0.0032138 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1559  phosphate-selective porin O and P  22.25 
 
 		 458 aa  79.7  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.186929 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1888  phosphate-selective porin O and P  22.25 
 
 		 458 aa  79.7  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00748844  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_003296  RS01730  putative signal peptide protein  22.36 
 
 		 457 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2014  phosphate-selective porin O and P  23.57 
 
 		 393 aa  79  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.637056  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4035  phosphate-selective porin O and P  25.74 
 
 		 391 aa  79  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2437  hypothetical protein  26.07 
 
 		 398 aa  72.8  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000306411  normal  0.0118778 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2608  hypothetical protein  27.82 
 
 		 567 aa  63.2  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1834  hypothetical protein  25.12 
 
 		 471 aa  53.5  0.000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.563481  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>