18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1325 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1325  gene transfer agent  100 
 
 		 138 aa  283  4e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00376041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1757  hypothetical protein  37.96 
 
 		 135 aa  83.6  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.577866 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1978  hypothetical protein  36.3 
 
 		 135 aa  81.3  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.579415  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0996  gene transfer agent  32.58 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.95396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0248  hypothetical protein  30.66 
 
 		 133 aa  67  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4289  gene transfer agent  37.4 
 
 		 132 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.967764  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2606  gene transfer agent  37.4 
 
 		 132 aa  63.9  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0897479  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1418  gene transfer agent (GTA) like protein  36.64 
 
 		 136 aa  59.7  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1173  gene transfer agent (GTA) like protein  35.07 
 
 		 136 aa  58.5  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.777288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3466  gene transfer agent (GTA) orfg8  33.82 
 
 		 136 aa  55.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.018674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1815  gene transfer agent (GTA) orfg8  32.06 
 
 		 136 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00634922  normal  0.220156 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5448  hypothetical protein  33.33 
 
 		 136 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1982  gene transfer agent (GTA) orfg8  32.82 
 
 		 136 aa  50.8  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.504072 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0910  gene transfer agent (GTA) orfg8  34.62 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.576518 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2108  gene transfer agent (GTA) like protein  29.77 
 
 		 136 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000354227  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0367  hypothetical protein  31.63 
 
 		 98 aa  45.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1887  hypothetical protein  26.67 
 
 		 139 aa  43.5  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.526852  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2171  hypothetical protein  26.96 
 
 		 136 aa  40.8  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>