180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0011 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0011  ribonuclease P  100 
 
 		 118 aa  241  1.9999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000676804  hitchhiker  0.000546181 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4065  ribonuclease P  76.27 
 
 		 118 aa  201  4e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000140717  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3942  ribonuclease P  75.42 
 
 		 118 aa  197  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000139461  unclonable  0.0000000000208872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4034  ribonuclease P  75.42 
 
 		 118 aa  197  3e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000319179  hitchhiker  0.000155322 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0008  ribonuclease P  75.42 
 
 		 118 aa  197  3e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000450646  unclonable  0.0000000000397397 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3777  ribonuclease P  75.42 
 
 		 118 aa  197  3.9999999999999996e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000556747  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4004  ribonuclease P  74.58 
 
 		 118 aa  197  3.9999999999999996e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119749  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0006  ribonuclease P  75.42 
 
 		 118 aa  197  5e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4523  ribonuclease P  75.42 
 
 		 118 aa  197  6e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000021378  hitchhiker  0.000108776 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4327  ribonuclease P  75.42 
 
 		 118 aa  197  6e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000794478  unclonable  0.00000000000188803 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4382  ribonuclease P  75.42 
 
 		 118 aa  197  6e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000348711  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4381  ribonuclease P  75.42 
 
 		 118 aa  197  6e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000190839  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4931  ribonuclease P  74.14 
 
 		 119 aa  194  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000059586  unclonable  0.00000000749508 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4259  ribonuclease P  73.73 
 
 		 120 aa  193  6e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000742435  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0004  ribonuclease P  72.88 
 
 		 120 aa  191  3e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000936038  unclonable  0.0000000000697895 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3868  ribonuclease P  74.58 
 
 		 120 aa  191  4e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000277263  unclonable  0.00000245558 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3609  ribonuclease P protein component  55.93 
 
 		 118 aa  149  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4155  ribonuclease P  57.39 
 
 		 119 aa  137  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.58759e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4266  ribonuclease P  54.39 
 
 		 119 aa  135  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000515429  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03587  ribonuclease P  53.39 
 
 		 119 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.201936  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03531  hypothetical protein  53.39 
 
 		 119 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.118507  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4071  ribonuclease P  53.39 
 
 		 119 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00679811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4221  ribonuclease P  53.39 
 
 		 119 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3917  ribonuclease P  53.39 
 
 		 119 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000273614  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4214  ribonuclease P  53.39 
 
 		 119 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000396678  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4037  ribonuclease P  52.63 
 
 		 119 aa  134  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.438672  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4232  ribonuclease P  53.39 
 
 		 119 aa  134  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000722418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4175  ribonuclease P  53.39 
 
 		 119 aa  134  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.936833  normal  0.955569 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4068  ribonuclease P  53.39 
 
 		 119 aa  134  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000599062  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4125  ribonuclease P  53.39 
 
 		 119 aa  134  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00333224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4053  ribonuclease P  53.39 
 
 		 119 aa  134  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000316737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5134  ribonuclease P  52.54 
 
 		 119 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00130238  normal  0.0222111 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0030  ribonuclease P  53.04 
 
 		 119 aa  130  5e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00687472  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135  ribonuclease P  53.15 
 
 		 119 aa  130  6.999999999999999e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000166605  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4314  ribonuclease P protein component  53.91 
 
 		 120 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00101008  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00437  ribonuclease P  55.26 
 
 		 118 aa  129  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2513  ribonuclease P  52.63 
 
 		 118 aa  128  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000477039  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4248  ribonuclease P  56.73 
 
 		 108 aa  125  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000157593  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4151  ribonuclease P protein component  53.27 
 
 		 108 aa  124  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0004  ribonuclease P  51.79 
 
 		 117 aa  124  4.0000000000000003e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00123584  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4262  ribonuclease P protein component  52.34 
 
 		 108 aa  123  9e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.117782  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4291  ribonuclease P  51.4 
 
 		 108 aa  123  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4622  ribonuclease P  54.78 
 
 		 134 aa  121  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0001  ribonuclease P  50.43 
 
 		 134 aa  120  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0008  ribonuclease P  50.43 
 
 		 134 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000255186 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5311  ribonuclease P  50.43 
 
 		 134 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0346243 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5052  ribonuclease P protein component  46.4 
 
 		 128 aa  117  7e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.107995  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52470  ribonuclease P  51.3 
 
 		 130 aa  116  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73420  ribonuclease P  53.04 
 
 		 135 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0472215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5745  ribonuclease P  51.33 
 
 		 133 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00936025  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6370  ribonuclease P  52.17 
 
 		 135 aa  114  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5614  ribonuclease P protein component  51.33 
 
 		 133 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5136  ribonuclease P  51.33 
 
 		 133 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002014  ribonuclease P protein component  52.43 
 
 		 107 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000192203  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3317  ribonuclease P  45.22 
 
 		 128 aa  106  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4486  ribonuclease P protein component  44.83 
 
 		 132 aa  103  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000175876  hitchhiker  0.00000000129187 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3035  ribonuclease P protein component  40.52 
 
 		 128 aa  102  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.216945  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0134  ribonuclease P protein component  39.47 
 
 		 115 aa  100  7e-21  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0423414  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4016  ribonuclease P protein component  40.35 
 
 		 135 aa  99.8  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0116419  normal  0.164418 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2198  ribonuclease P protein component  44.04 
 
 		 162 aa  94.7  4e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000952989  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3088  ribonuclease P protein  39.45 
 
 		 119 aa  94  6e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2413  ribonuclease P protein component  34.78 
 
 		 123 aa  89.7  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0343106  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3320  ribonuclease P protein component  38.89 
 
 		 120 aa  89  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3897  ribonuclease P protein component  38.46 
 
 		 132 aa  84.7  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0590207  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2932  hypothetical protein  36.36 
 
 		 114 aa  82  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3076  hypothetical protein  36.36 
 
 		 114 aa  82  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2146  ribonuclease P protein component  36.94 
 
 		 123 aa  78.6  0.00000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000164935  unclonable  0.0000011472 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2760  ribonuclease P  38.33 
 
 		 127 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000461705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2883  ribonuclease P protein component  37.61 
 
 		 123 aa  77.4  0.00000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0117467  normal  0.419637 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0001  ribonuclease P protein component  37.84 
 
 		 123 aa  76.6  0.0000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0001269  unclonable  0.0000473513 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1229  ribonuclease P protein component  40 
 
 		 122 aa  74.3  0.0000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0151351  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2602  ribonuclease P protein component  36.7 
 
 		 116 aa  72.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.201057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2390  ribonuclease P protein component  32.74 
 
 		 130 aa  72.8  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102633  hitchhiker  0.0000000753131 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0100  ribonuclease P protein component  36.75 
 
 		 121 aa  71.2  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0203  ribonuclease P protein component  32.46 
 
 		 122 aa  63.2  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4203  ribonuclease P protein  38.52 
 
 		 123 aa  62  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0154701  decreased coverage  0.00202105 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2120  ribonuclease P protein component  32.11 
 
 		 121 aa  61.6  0.000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04102  ribonuclease P  49.02 
 
 		 55 aa  60.5  0.000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000363404  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0002  ribonuclease P  28.83 
 
 		 115 aa  58.9  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00006762  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  35.14 
 
 		 130 aa  59.3  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2826  ribonuclease P protein component  50.94 
 
 		 99 aa  58.9  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4508  ribonuclease P protein component  43.08 
 
 		 170 aa  57  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27050  predicted protein  37.78 
 
 		 164 aa  55.8  0.0000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.121605  hitchhiker  0.000860128 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2778  ribonuclease P protein component  46.55 
 
 		 86 aa  53.9  0.0000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.07678  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3644  ribonuclease P protein component  28.83 
 
 		 123 aa  53.5  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00220014  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3625  ribonuclease P protein component  29.36 
 
 		 135 aa  53.5  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.284043  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1738  ribonuclease P protein component  30.21 
 
 		 116 aa  52.4  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000204064  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4516  ribonuclease P protein component  38.81 
 
 		 116 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2735  ribonuclease P  26.13 
 
 		 117 aa  50.4  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.178342  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2792  ribonuclease P  26.13 
 
 		 117 aa  50.4  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.437521  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3155  ribonuclease P protein component  47.14 
 
 		 87 aa  50.4  0.000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0217012  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0167  ribonuclease P  33.63 
 
 		 119 aa  50.1  0.00001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  decreased coverage  0.00183081  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2399  ribonuclease P protein component  34.44 
 
 		 118 aa  50.1  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.71543  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2225  ribonuclease P  33.33 
 
 		 121 aa  49.7  0.00001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.294731  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3100  ribonuclease P protein component  29.92 
 
 		 169 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000456921 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3988  ribonuclease P protein component  28.23 
 
 		 161 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0408  ribonuclease P  32.26 
 
 		 109 aa  49.3  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3490  ribonuclease P  38.96 
 
 		 121 aa  49.3  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000922016  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4464  ribonuclease P  28.23 
 
 		 139 aa  49.3  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0853749 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3217  ribonuclease P protein component  28.35 
 
 		 153 aa  49.3  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.626846  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>