36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_6158 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_6158  light-harvesting complex alpha subunit  100 
 
 		 263 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.210194  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0209  antenna complex, alpha/beta subunit  100 
 
 		 257 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3038  antenna complex, alpha/beta subunit  84 
 
 		 239 aa  97.1  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.631702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0980  antenna complex, alpha/beta subunit  58.33 
 
 		 54 aa  68.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3082  light harvesting protein B-800-850, alpha chain  44.62 
 
 		 127 aa  68.9  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6256  LHII alpha, light-harvesting B800/850 protein  58.33 
 
 		 54 aa  67  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1959  antenna complex, alpha/beta subunit  58.33 
 
 		 54 aa  67  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0607  internalin, putative  30.88 
 
 		 1088 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1582  antenna complex, alpha/beta subunit  57.45 
 
 		 107 aa  60.5  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.666557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3784  antenna complex, alpha/beta subunit  53.19 
 
 		 65 aa  60.1  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.821557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3421  antenna complex alpha/beta subunit  50 
 
 		 59 aa  59.7  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.419433  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1334  antenna complex, alpha/beta subunit  53.19 
 
 		 67 aa  59.3  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2926  antenna complex alpha/beta subunit  48.94 
 
 		 59 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2399  antenna complex, alpha/beta subunit  52.08 
 
 		 59 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0690333 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1679  antenna complex alpha/beta subunit  48.94 
 
 		 59 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4447  antenna complex, alpha/beta subunit  53.19 
 
 		 59 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4771  antenna complex alpha/beta subunit  51.06 
 
 		 66 aa  56.6  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0220  antenna complex, alpha/beta subunit  51.06 
 
 		 67 aa  56.6  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00667798  decreased coverage  0.00260316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3891  antenna complex, alpha/beta subunit  51.06 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00637036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2863  antenna complex, alpha/beta subunit  48.94 
 
 		 59 aa  55.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.105944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2609  antenna complex, alpha/beta subunit  48.94 
 
 		 59 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142942  hitchhiker  0.00280772 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1193  DNA translocase FtsK  40.97 
 
 		 1851 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1344  hypothetical protein  40.97 
 
 		 1851 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0874  60S ribosomal protein L19  39.86 
 
 		 304 aa  53.1  0.000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4441  antenna complex, alpha/beta subunit  47.92 
 
 		 65 aa  53.1  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.562609 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2813  hypothetical protein  25.83 
 
 		 597 aa  52.8  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.185849  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2208  ribonuclease, Rne/Rng family protein  37.5 
 
 		 1065 aa  52  0.000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.162702 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2392  antenna complex, alpha/beta subunit  47.92 
 
 		 65 aa  52  0.000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.118704 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0451  hypothetical protein  42.2 
 
 		 682 aa  50.8  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.935118  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2899  putative light-harvesting protein B-800/850 alpha chain  55.1 
 
 		 113 aa  50.4  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3419  antenna complex alpha/beta subunit  48.94 
 
 		 65 aa  50.4  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.540512  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1311  hypothetical protein  32.37 
 
 		 697 aa  46.6  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00222166  hitchhiker  0.000000478803 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1032  putative cell division protein FtsK  39.5 
 
 		 1725 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0718321  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0315  putative cell division protein FtsK  39.5 
 
 		 1725 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.10146  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0835  putative cell division protein FtsK  39.5 
 
 		 1725 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.816405  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1924  cell division protein FtsK, putative  39.5 
 
 		 1725 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>