28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4441 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4441  antenna complex, alpha/beta subunit  100 
 
 
65 aa  125  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.562609 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2392  antenna complex, alpha/beta subunit  95.83 
 
 
65 aa  96.7  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.118704 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3784  antenna complex, alpha/beta subunit  67.69 
 
 
65 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.821557  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3419  antenna complex alpha/beta subunit  83.08 
 
 
65 aa  85.1  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.540512  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3421  antenna complex alpha/beta subunit  68.97 
 
 
59 aa  83.6  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.419433  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4447  antenna complex, alpha/beta subunit  69.09 
 
 
59 aa  80.5  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.598274 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2399  antenna complex, alpha/beta subunit  69.09 
 
 
59 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0690333 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1679  antenna complex alpha/beta subunit  70.59 
 
 
59 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3788  antenna complex, alpha/beta subunit  70.59 
 
 
59 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0220  antenna complex, alpha/beta subunit  72.34 
 
 
67 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00667798  decreased coverage  0.00260316 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4032  antenna complex, alpha/beta subunit  61.82 
 
 
59 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.460767  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2926  antenna complex alpha/beta subunit  66.67 
 
 
59 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1239  antenna complex, alpha/beta subunit  60 
 
 
59 aa  71.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000000666416  unclonable  0.0000000160108 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3786  antenna complex, alpha/beta subunit  64.71 
 
 
59 aa  72  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0407827 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2863  antenna complex, alpha/beta subunit  66.67 
 
 
59 aa  70.9  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.105944  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2609  antenna complex, alpha/beta subunit  66.67 
 
 
59 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142942  hitchhiker  0.00280772 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4771  antenna complex alpha/beta subunit  66 
 
 
66 aa  70.5  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1334  antenna complex, alpha/beta subunit  66 
 
 
67 aa  69.7  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3082  light harvesting protein B-800-850, alpha chain  61.7 
 
 
127 aa  69.3  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3891  antenna complex, alpha/beta subunit  63.83 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00637036  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1582  antenna complex, alpha/beta subunit  45.45 
 
 
107 aa  54.7  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.666557  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0209  antenna complex, alpha/beta subunit  47.92 
 
 
257 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6158  light-harvesting complex alpha subunit  47.92 
 
 
263 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.210194  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1959  antenna complex, alpha/beta subunit  45.28 
 
 
54 aa  51.2  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3038  antenna complex, alpha/beta subunit  47.92 
 
 
239 aa  51.2  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.631702  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6256  LHII alpha, light-harvesting B800/850 protein  45.28 
 
 
54 aa  51.2  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0980  antenna complex, alpha/beta subunit  43.4 
 
 
54 aa  48.9  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2899  putative light-harvesting protein B-800/850 alpha chain  49.12 
 
 
113 aa  45.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>