28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0220 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0220  antenna complex, alpha/beta subunit  100 
 
 		 67 aa  130  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00667798  decreased coverage  0.00260316 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1679  antenna complex alpha/beta subunit  87.76 
 
 		 59 aa  91.3  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3784  antenna complex, alpha/beta subunit  68.66 
 
 		 65 aa  90.5  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.821557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2926  antenna complex alpha/beta subunit  87.76 
 
 		 59 aa  90.5  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4771  antenna complex alpha/beta subunit  85.42 
 
 		 66 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4032  antenna complex, alpha/beta subunit  75.86 
 
 		 59 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.460767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1334  antenna complex, alpha/beta subunit  83.33 
 
 		 67 aa  84.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3786  antenna complex, alpha/beta subunit  74.14 
 
 		 59 aa  84.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0407827 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1239  antenna complex, alpha/beta subunit  72.41 
 
 		 59 aa  84.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000000666416  unclonable  0.0000000160108 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2863  antenna complex, alpha/beta subunit  71.19 
 
 		 59 aa  84  6e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.105944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2609  antenna complex, alpha/beta subunit  80 
 
 		 59 aa  83.6  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142942  hitchhiker  0.00280772 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3891  antenna complex, alpha/beta subunit  77.55 
 
 		 67 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00637036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2392  antenna complex, alpha/beta subunit  69.39 
 
 		 65 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.118704 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3419  antenna complex alpha/beta subunit  69.39 
 
 		 65 aa  74.3  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.540512  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4441  antenna complex, alpha/beta subunit  72.34 
 
 		 65 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.562609 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2399  antenna complex, alpha/beta subunit  63.79 
 
 		 59 aa  73.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0690333 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3421  antenna complex alpha/beta subunit  67.35 
 
 		 59 aa  72.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.419433  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4447  antenna complex, alpha/beta subunit  61.02 
 
 		 59 aa  73.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598274 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3788  antenna complex, alpha/beta subunit  68.09 
 
 		 59 aa  71.2  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3082  light harvesting protein B-800-850, alpha chain  50.75 
 
 		 127 aa  71.2  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6158  light-harvesting complex alpha subunit  50 
 
 		 263 aa  56.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.210194  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0209  antenna complex, alpha/beta subunit  50 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3038  antenna complex, alpha/beta subunit  48.98 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.631702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0980  antenna complex, alpha/beta subunit  44.23 
 
 		 54 aa  55.1  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1582  antenna complex, alpha/beta subunit  42.42 
 
 		 107 aa  54.7  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.666557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6256  LHII alpha, light-harvesting B800/850 protein  42.31 
 
 		 54 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1959  antenna complex, alpha/beta subunit  42.31 
 
 		 54 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1408  antenna complex, alpha/beta subunit  55.93 
 
 		 71 aa  40.8  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>