29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2899 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2899  putative light-harvesting protein B-800/850 alpha chain  100 
 
 		 113 aa  223  7e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1582  antenna complex, alpha/beta subunit  49.07 
 
 		 107 aa  87.8  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.666557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3038  antenna complex, alpha/beta subunit  57.45 
 
 		 239 aa  64.7  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.631702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0209  antenna complex, alpha/beta subunit  55.1 
 
 		 257 aa  61.6  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6158  light-harvesting complex alpha subunit  55.1 
 
 		 263 aa  61.6  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.210194  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3419  antenna complex alpha/beta subunit  54 
 
 		 65 aa  60.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.540512  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2392  antenna complex, alpha/beta subunit  57.45 
 
 		 65 aa  60.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.118704 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4441  antenna complex, alpha/beta subunit  57.45 
 
 		 65 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.562609 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3421  antenna complex alpha/beta subunit  50 
 
 		 59 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.419433  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0980  antenna complex, alpha/beta subunit  50 
 
 		 54 aa  58.5  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3082  light harvesting protein B-800-850, alpha chain  46.94 
 
 		 127 aa  57.8  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2399  antenna complex, alpha/beta subunit  50 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0690333 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4447  antenna complex, alpha/beta subunit  50 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598274 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3784  antenna complex, alpha/beta subunit  54.17 
 
 		 65 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.821557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1959  antenna complex, alpha/beta subunit  47.92 
 
 		 54 aa  55.1  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1679  antenna complex alpha/beta subunit  50 
 
 		 59 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6256  LHII alpha, light-harvesting B800/850 protein  47.92 
 
 		 54 aa  55.1  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2926  antenna complex alpha/beta subunit  50 
 
 		 59 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4032  antenna complex, alpha/beta subunit  47.92 
 
 		 59 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.460767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2609  antenna complex, alpha/beta subunit  47.92 
 
 		 59 aa  52  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142942  hitchhiker  0.00280772 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3788  antenna complex, alpha/beta subunit  45.83 
 
 		 59 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0220  antenna complex, alpha/beta subunit  51.06 
 
 		 67 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00667798  decreased coverage  0.00260316 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2863  antenna complex, alpha/beta subunit  47.92 
 
 		 59 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.105944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4771  antenna complex alpha/beta subunit  48.94 
 
 		 66 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3786  antenna complex, alpha/beta subunit  45.83 
 
 		 59 aa  51.2  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0407827 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1334  antenna complex, alpha/beta subunit  48.94 
 
 		 67 aa  51.2  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1239  antenna complex, alpha/beta subunit  43.75 
 
 		 59 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000000666416  unclonable  0.0000000160108 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3891  antenna complex, alpha/beta subunit  46.81 
 
 		 67 aa  50.4  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00637036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1408  antenna complex, alpha/beta subunit  41.18 
 
 		 71 aa  40.4  0.009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>