28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3786 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3786  antenna complex, alpha/beta subunit  100 
 
 		 59 aa  118  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0407827 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4032  antenna complex, alpha/beta subunit  98.31 
 
 		 59 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.460767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1239  antenna complex, alpha/beta subunit  94.92 
 
 		 59 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000000666416  unclonable  0.0000000160108 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1679  antenna complex alpha/beta subunit  91.53 
 
 		 59 aa  110  9e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2926  antenna complex alpha/beta subunit  89.83 
 
 		 59 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2609  antenna complex, alpha/beta subunit  88.14 
 
 		 59 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142942  hitchhiker  0.00280772 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2863  antenna complex, alpha/beta subunit  88.14 
 
 		 59 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.105944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4447  antenna complex, alpha/beta subunit  79.66 
 
 		 59 aa  100  8e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598274 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3788  antenna complex, alpha/beta subunit  77.97 
 
 		 59 aa  99.8  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2399  antenna complex, alpha/beta subunit  79.66 
 
 		 59 aa  99  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0690333 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3421  antenna complex alpha/beta subunit  76.79 
 
 		 59 aa  93.2  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.419433  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4771  antenna complex alpha/beta subunit  91.84 
 
 		 66 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1334  antenna complex, alpha/beta subunit  87.76 
 
 		 67 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3891  antenna complex, alpha/beta subunit  87.23 
 
 		 67 aa  85.1  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00637036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0220  antenna complex, alpha/beta subunit  82.98 
 
 		 67 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00667798  decreased coverage  0.00260316 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3784  antenna complex, alpha/beta subunit  72 
 
 		 65 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.821557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3419  antenna complex alpha/beta subunit  69.39 
 
 		 65 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.540512  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3082  light harvesting protein B-800-850, alpha chain  56.67 
 
 		 127 aa  73.6  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2392  antenna complex, alpha/beta subunit  67.35 
 
 		 65 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.118704 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4441  antenna complex, alpha/beta subunit  66.67 
 
 		 65 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.562609 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1959  antenna complex, alpha/beta subunit  50 
 
 		 54 aa  60.5  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6256  LHII alpha, light-harvesting B800/850 protein  50 
 
 		 54 aa  60.5  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0980  antenna complex, alpha/beta subunit  51.06 
 
 		 54 aa  58.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1582  antenna complex, alpha/beta subunit  55.1 
 
 		 107 aa  57.4  0.00000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.666557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0209  antenna complex, alpha/beta subunit  47.92 
 
 		 257 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6158  light-harvesting complex alpha subunit  47.92 
 
 		 263 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.210194  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3038  antenna complex, alpha/beta subunit  45.83 
 
 		 239 aa  51.6  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.631702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1408  antenna complex, alpha/beta subunit  64.71 
 
 		 71 aa  45.8  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>