More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_R0015 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  3.18176e-05  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  1.11768e-07  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  2.23228e-11  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t06  tRNA-Gly  100 
 
 
71 bp  141  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000883403  unclonable  1.95442e-07 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  98.59 
 
 
71 bp  133  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  97.18 
 
 
71 bp  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  2.14078e-07  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0009  tRNA-Gly  97.01 
 
 
74 bp  117  4e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.97964e-10  hitchhiker  8.95065e-06 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0007  tRNA-Gly  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  1.0318e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309344  tRNA-Gly  98.21 
 
 
71 bp  103  5e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5030  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  103  5e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.539673  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5034  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  103  5e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.616369  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlyVIMSS1309190  tRNA-Gly  98.21 
 
 
71 bp  103  5e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.179054  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0017  tRNA-Gly  98.21 
 
 
71 bp  103  5e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.162954  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0050  tRNA-Gly  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.35663e-09  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4473  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  7.78472e-05  hitchhiker  0.000364054 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4354  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  3.04012e-08  normal  0.98071 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0005  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  4.91266e-06  normal  0.390681 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4386  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  1.13588e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4476  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  3.8079e-06  hitchhiker  7.85716e-15 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4695  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.29308e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2721  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  2.23193e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly01  tRNA-Gly  98.08 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  5.88593e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4719  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.20782e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5102  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  6.1566e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0107  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  4.60652e-06  hitchhiker  0.00217641 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1180  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  9.95593e-08  hitchhiker  7.87361e-13 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4426  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  7.39048e-11  hitchhiker  4.76038e-05 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4550  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  3.45033e-06  hitchhiker  1.21992e-12 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0698  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00121364  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5443  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.14766e-09  hitchhiker  0.00132893 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0490  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.826084  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0092  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.54336e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna007  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00076  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  4.23625e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna050  tRNA-Gly  98.08 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  6.72543e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0035  tRNA-Gly  96.3 
 
 
71 bp  91.7  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAGlyVIMSS1309148  tRNA-Gly  96.3 
 
 
71 bp  91.7  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAGlyVIMSS1309072  tRNA-Gly  96.3 
 
 
71 bp  91.7  2e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAGlyVIMSS1309123  tRNA-Gly  96.3 
 
 
71 bp  91.7  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.658382  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00235  tRNA-Gly  97.96 
 
 
72 bp  89.7  8e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06159  tRNA-Gly  97.96 
 
 
72 bp  89.7  8e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0106  tRNA-Gly  96.15 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  2.81433e-05  hitchhiker  2.00758e-06 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0013  tRNA-Gly  96.15 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  3.16853e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0020  tRNA-Gly  97.92 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156043  normal  0.538933 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0032  tRNA-Gly  94.64 
 
 
71 bp  87.7  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.598279  normal  0.0388525 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0030  tRNA-Gly  90.14 
 
 
71 bp  85.7  1e-15  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000875234  hitchhiker  0.000341426 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0031  tRNA-Gly  90.14 
 
 
71 bp  85.7  1e-15  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.271657  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  97.87 
 
 
74 bp  85.7  1e-15  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  7.0019e-12  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0064  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06802  tRNA-Gly  100 
 
 
72 bp  83.8  5e-15  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02828  tRNA-Gly  100 
 
 
72 bp  83.8  5e-15  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0011  tRNA-Gly  94.44 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  6.24107e-07  normal  0.164759 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  97.83 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  1.10087e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0561  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  4.76059e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0053  tRNA-Gly  97.83 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  1.18359e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3206t  tRNA-OTHER  100 
 
 
72 bp  83.8  5e-15  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0593259  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0053  tRNA-Gly  97.83 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  5.71258e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna5  tRNA-Gly  97.83 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627053  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1112t  tRNA-Gly  100 
 
 
72 bp  83.8  5e-15  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0086  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.795168  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0008  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.297445  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0052  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  5e-15  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000802106  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0081  tRNA-Gly  91.8 
 
 
71 bp  81.8  2e-14  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0459508  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0088  tRNA-Gly  91.8 
 
 
71 bp  81.8  2e-14  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4287  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.14711e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0082  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000798848  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0562  hypothetical protein  95.83 
 
 
141 bp  79.8  8e-14  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  2.93219e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0012  tRNA-Gly  95.83 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2801  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  4.58752e-10  normal  0.102156 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0007  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000568475  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0007  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  3.13428e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0089  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00198921  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0013  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.81775e-06  normal  0.0204352 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0007  tRNA-Gly  94.23 
 
 
75 bp  79.8  8e-14  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  1.40906e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0040  tRNA-Gly  88.73 
 
 
71 bp  77.8  3e-13  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  95.74 
 
 
74 bp  77.8  3e-13  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0034  tRNA-Gly  91.53 
 
 
74 bp  77.8  3e-13  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  4.57466e-05  normal  0.978086 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlyVIMSS1309292  tRNA-Gly  94.12 
 
 
71 bp  77.8  3e-13  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0071  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  4.47795e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0032  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  4.35638e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0018  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.395535  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0017  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00877648 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0005  tRNA-Gly  91.38 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000107449  hitchhiker  6.69742e-06 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0017  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0032  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  5.07298e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2053  tRNA-OTHER  100 
 
 
68 bp  75.8  1e-12  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  4.1496e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0044  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  1e-12  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000110049  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>