111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2796 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2796  hypothetical protein  100 
 
 
107 aa  210  4e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00736684  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4011  hypothetical protein  49.52 
 
 
106 aa  106  9e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2866  acetate permease  55.32 
 
 
666 aa  104  4e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0150163 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3490  protein of unknown function DUF485  47.62 
 
 
142 aa  103  7e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0636  hypothetical protein  40.82 
 
 
102 aa  85.9  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0431531  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35040  hypothetical protein  38.38 
 
 
104 aa  82.8  1e-15  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.344498  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0464  protein of unknown function DUF485  37.86 
 
 
102 aa  80.5  7e-15  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.946355 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0448  protein of unknown function DUF485  37.86 
 
 
102 aa  80.5  7e-15  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0149641  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1890  hypothetical protein  40.4 
 
 
103 aa  80.1  8e-15  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3286  hypothetical protein  44.9 
 
 
105 aa  79.7  1e-14  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0913  protein of unknown function DUF485  37.86 
 
 
103 aa  79.7  1e-14  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.660786  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22340  hypothetical protein  39.39 
 
 
103 aa  79  2e-14  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  8.29166e-15 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0684  hypothetical protein  36.89 
 
 
103 aa  79.3  2e-14  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4620  hypothetical protein  36.27 
 
 
104 aa  76.3  1e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5573  hypothetical protein  34.31 
 
 
104 aa  76.3  1e-13  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4669  hypothetical protein  36.27 
 
 
104 aa  76.3  1e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.489248  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4534  hypothetical protein  36.27 
 
 
104 aa  76.3  1e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4527  hypothetical protein  36.27 
 
 
104 aa  76.3  1e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1578  protein of unknown function DUF485  36.45 
 
 
104 aa  76.6  1e-13  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0630294  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0296  hypothetical protein  36.89 
 
 
103 aa  76.6  1e-13  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.624817  hitchhiker  0.00012934 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4618  hypothetical protein  36.27 
 
 
104 aa  76.3  1e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.852789  normal  0.286158 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4587  hypothetical protein  34.31 
 
 
104 aa  75.9  2e-13  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2500  hypothetical protein  37.37 
 
 
102 aa  75.9  2e-13  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.56501e-08 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4312  hypothetical protein  34.31 
 
 
104 aa  75.9  2e-13  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4530  hypothetical protein  34.31 
 
 
104 aa  75.9  2e-13  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3959  hypothetical protein  34.31 
 
 
104 aa  75.9  2e-13  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.406896 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4623  hypothetical protein  34.31 
 
 
104 aa  75.9  2e-13  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03940  conserved inner membrane protein involved in acetate transport  34.31 
 
 
104 aa  75.9  2e-13  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.421971  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03900  hypothetical protein  34.31 
 
 
104 aa  75.9  2e-13  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.414489  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3924  protein of unknown function DUF485  34.31 
 
 
104 aa  75.9  2e-13  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1981  hypothetical protein  35.92 
 
 
102 aa  74.3  5e-13  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0555  protein of unknown function DUF485  38.68 
 
 
102 aa  74.3  5e-13  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.365765  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3836  hypothetical protein  34.95 
 
 
103 aa  73.9  7e-13  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.408019  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3948  hypothetical protein  34.95 
 
 
103 aa  73.9  7e-13  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.913691 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3922  hypothetical protein  34.95 
 
 
103 aa  73.9  7e-13  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0959  hypothetical protein  40.66 
 
 
107 aa  73.2  1e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.567303 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2261  hypothetical protein  43.33 
 
 
101 aa  72.8  1e-12  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105984  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1292  hypothetical protein  35.35 
 
 
103 aa  73.2  1e-12  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2875  hypothetical protein  43.33 
 
 
101 aa  72.8  1e-12  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5872  hypothetical protein  40 
 
 
101 aa  72  2e-12  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3261  protein of unknown function DUF485  37.86 
 
 
103 aa  72.4  2e-12  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1607  hypothetical protein  34.34 
 
 
103 aa  72.8  2e-12  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.66445  normal  0.337405 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0534  hypothetical protein  34.34 
 
 
102 aa  72.8  2e-12  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0374  hypothetical protein  36.08 
 
 
101 aa  71.6  3e-12  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2886  hypothetical protein  42.22 
 
 
101 aa  71.6  3e-12  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.696327  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6217  hypothetical protein  42.22 
 
 
101 aa  71.6  3e-12  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5782  hypothetical protein  34.02 
 
 
101 aa  72  3e-12  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.228793 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3376  protein of unknown function DUF485  38.83 
 
 
103 aa  71.2  4e-12  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202403  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3977  hypothetical protein  35.35 
 
 
103 aa  71.6  4e-12  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.399436  normal  0.691653 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0888  protein of unknown function DUF485  30.39 
 
 
102 aa  71.2  5e-12  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1334  hypothetical protein  34.34 
 
 
103 aa  70.9  6e-12  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.628342  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2792  hypothetical protein  42.22 
 
 
101 aa  70.5  7e-12  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14797  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4212  hypothetical protein  37.11 
 
 
102 aa  70.1  8e-12  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.227984  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2930  hypothetical protein  42.22 
 
 
101 aa  70.1  8e-12  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.462047  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1742  hypothetical protein  34.34 
 
 
103 aa  70.1  9e-12  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5597  hypothetical protein  41.76 
 
 
123 aa  70.1  9e-12  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.514691  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25240  DUF485 family protein  37 
 
 
109 aa  69.7  1e-11  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.97063  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1623  hypothetical protein  34.34 
 
 
103 aa  70.1  1e-11  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0484  hypothetical protein  35.79 
 
 
117 aa  69.7  1e-11  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3676  hypothetical protein  37.5 
 
 
128 aa  69.7  1e-11  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.637378 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3757  hypothetical protein  34.34 
 
 
103 aa  69.3  1e-11  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.100372  normal  0.0931684 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1455  hypothetical protein  25.96 
 
 
104 aa  68.9  2e-11  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.603682  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0206  hypothetical protein  40.21 
 
 
101 aa  68.6  3e-11  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1387  hypothetical protein  40.21 
 
 
101 aa  68.6  3e-11  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.586783  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0454  hypothetical protein  40.21 
 
 
101 aa  68.6  3e-11  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0474  hypothetical protein  40.21 
 
 
101 aa  68.6  3e-11  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585175  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2813  hypothetical protein  40.21 
 
 
101 aa  68.6  3e-11  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3230  hypothetical protein  40.21 
 
 
101 aa  68.6  3e-11  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0638  hypothetical protein  40.21 
 
 
101 aa  68.6  3e-11  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2432  hypothetical protein  38.14 
 
 
102 aa  67.8  4e-11  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.30839  normal  0.492052 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4961  hypothetical protein  33.33 
 
 
120 aa  67  9e-11  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.249965  normal  0.222464 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3878  hypothetical protein  37 
 
 
102 aa  66.6  1e-10  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.280009  normal  0.825542 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3781  hypothetical protein  36.56 
 
 
102 aa  65.9  2e-10  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3141  hypothetical protein  37 
 
 
102 aa  65.1  3e-10  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5645  hypothetical protein  33.01 
 
 
120 aa  65.5  3e-10  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0407513  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5956  hypothetical protein  34.34 
 
 
102 aa  64.7  4e-10  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0427  hypothetical protein  35.16 
 
 
102 aa  64.3  5e-10  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  5.02052e-08  hitchhiker  0.000888363 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0397  hypothetical protein  40.21 
 
 
101 aa  63.9  6e-10  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0275  hypothetical protein  35.71 
 
 
104 aa  63.9  7e-10  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.279354  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03253  hypothetical protein  33.68 
 
 
105 aa  63.2  1e-09  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5209  protein of unknown function DUF485  37.11 
 
 
102 aa  59.7  1e-08  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4784  protein of unknown function DUF485  37.11 
 
 
102 aa  59.7  1e-08  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0428  hypothetical protein  45.56 
 
 
101 aa  58.9  2e-08  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2636  hypothetical protein  32.99 
 
 
102 aa  58.5  3e-08  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.236815  normal  0.0699685 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2623  hypothetical protein  34.88 
 
 
102 aa  57.8  5e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2486  hypothetical protein  34.88 
 
 
102 aa  57.8  5e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.424644  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3273  hypothetical protein  34.88 
 
 
102 aa  57.8  5e-08  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2953  hypothetical protein  35.05 
 
 
102 aa  57.4  6e-08  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.091358 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2495  protein of unknown function DUF485  34.38 
 
 
128 aa  56.6  1e-07  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.501583 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1117  hypothetical protein  30.53 
 
 
101 aa  56.2  2e-07  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.130739  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1541  protein of unknown function DUF485  30.93 
 
 
104 aa  55.8  2e-07  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000112878  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1020  protein of unknown function DUF485  29.03 
 
 
101 aa  55.8  2e-07  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.104425  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2563  hypothetical protein  34.38 
 
 
128 aa  55.1  3e-07  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2786  protein of unknown function DUF485  34.38 
 
 
128 aa  55.1  3e-07  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991067  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7092  hypothetical protein  41.3 
 
 
104 aa  54.3  5e-07  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35930  hypothetical protein  80.65 
 
 
32 aa  53.9  8e-07  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0198084  hitchhiker  7.11874e-18 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2624  protein of unknown function DUF485  27.66 
 
 
101 aa  53.5  1e-06  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.845578 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3742  hypothetical protein  34.83 
 
 
104 aa  52.8  2e-06  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00462503  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0314  protein of unknown function DUF485  30.43 
 
 
152 aa  48.5  3e-05  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.547763 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3159  protein of unknown function DUF485  32.98 
 
 
99 aa  47.8  5e-05  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>