19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2153 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2153  type IV pilus assembly PilZ  100 
 
 
194 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00727048 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3589  type IV pilus assembly PilZ  97.42 
 
 
194 aa  359  1e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.549929 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1694  type IV pilus assembly PilZ  95.36 
 
 
194 aa  348  2e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.132383 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1670  type IV pilus assembly PilZ  87.63 
 
 
194 aa  322  2e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3860  hypothetical protein  68.59 
 
 
193 aa  258  3e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1606  type IV pilus assembly PilZ  62.23 
 
 
188 aa  233  9e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.321815  normal  0.0962013 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2108  hypothetical protein  54.4 
 
 
195 aa  221  5e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1903  hypothetical protein  55.96 
 
 
195 aa  208  4e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.378219  hitchhiker  0.00133315 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25420  hypothetical protein  52.69 
 
 
254 aa  183  1e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2172  hypothetical protein  52.17 
 
 
199 aa  183  2e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.849179  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1748  hypothetical protein  30.98 
 
 
219 aa  77.8  8e-14  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.690123  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1808  hypothetical protein  26.37 
 
 
192 aa  74.3  1e-12  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02436  hypothetical protein  27.92 
 
 
199 aa  59.7  2e-08  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3217  modification methylase HemK  23.91 
 
 
187 aa  57  2e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1890  hypothetical protein  26.06 
 
 
185 aa  55.5  6e-07  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1901  hypothetical protein  24.73 
 
 
185 aa  54.7  8e-07  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1631  hypothetical protein  24.85 
 
 
193 aa  49.3  4e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000294763  normal  0.53809 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0482  type IV pilus assembly PilZ  30.58 
 
 
177 aa  45.1  0.0007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2026  type IV pilus assembly PilZ  28.24 
 
 
218 aa  41.6  0.008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>