55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0025 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0025  malonate decarboxylase subunit delta  100 
 
 
102 aa  205  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0026  malonate decarboxylase subunit delta  99.02 
 
 
102 aa  204  4e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0047  malonate decarboxylase subunit delta  93.14 
 
 
102 aa  193  6e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.328223  normal  0.098952 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6856  malonate decarboxylase subunit delta  90.1 
 
 
102 aa  185  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3152  malonate decarboxylase subunit delta  85.29 
 
 
102 aa  178  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0168  malonate decarboxylase subunit delta  78.22 
 
 
102 aa  164  3e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.381062  normal  0.280021 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3191  malonate decarboxylase subunit delta  62.38 
 
 
105 aa  131  3e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.416357 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2802  malonate decarboxylase subunit delta  61.39 
 
 
105 aa  128  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.96466  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1453  malonate decarboxylase subunit delta  59.41 
 
 
105 aa  124  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0682344  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0540  malonate decarboxylase subunit delta  59.41 
 
 
105 aa  124  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0613  malonate decarboxylase subunit delta  59.41 
 
 
105 aa  124  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.763622  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1257  malonate decarboxylase subunit delta  59.41 
 
 
105 aa  124  5e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.529343  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3036  malonate decarboxylase subunit delta  59.41 
 
 
105 aa  124  5e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1483  malonate decarboxylase subunit delta  59.41 
 
 
105 aa  124  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0153219  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1583  malonate decarboxylase subunit delta  59.41 
 
 
105 aa  124  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.357232  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0789  malonate decarboxylase subunit delta  57.43 
 
 
104 aa  120  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.058655  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1160  malonate decarboxylase subunit delta  57.43 
 
 
104 aa  120  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.965785  normal  0.221003 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1148  malonate decarboxylase subunit delta  57.43 
 
 
104 aa  120  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1270  malonate decarboxylase subunit delta  57.43 
 
 
104 aa  120  7e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00245775  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1242  malonate decarboxylase subunit delta  57.43 
 
 
104 aa  120  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.549114  normal  0.0355903 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4413  malonate decarboxylase subunit delta  57.43 
 
 
105 aa  119  1e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.523505  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2049  malonate decarboxylase subunit delta  56.44 
 
 
104 aa  118  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4287  malonate decarboxylase subunit delta  55.45 
 
 
105 aa  117  4e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.318757  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1844  malonate decarboxylase delta subunit  50.52 
 
 
110 aa  86.7  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.457888  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0078  malonate decarboxylase acyl carrier protein  46.15 
 
 
112 aa  83.6  9e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.343361 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2894  delta subunit of malonate decarboxylase  49.47 
 
 
110 aa  82  2e-15  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.222092  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5373  malonate decarboxylase acyl carrier protein  50.53 
 
 
110 aa  81.6  4e-15  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00827947  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1767  malonate decarboxylase acyl carrier protein  48.42 
 
 
110 aa  80.9  6e-15  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0891324  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0793  delta subunit of malonate decarboxylase  43.16 
 
 
102 aa  77.8  5e-14  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0483637  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1145  putative malonate decarboxylase delta subunit  40.59 
 
 
105 aa  77.4  7e-14  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.719808  normal  0.745191 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1080  malonate decarboxylase subunit delta  45.26 
 
 
106 aa  74.7  5e-13  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.626821  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2895  malonate decarboxylase delta subunit  53.25 
 
 
103 aa  69.7  1e-11  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.24751  normal  0.0309088 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5085  malonate decarboxylase subunit delta  44.21 
 
 
101 aa  70.1  1e-11  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.241533  normal  0.113374 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4019  malonate decarboxylase delta subunit  47.37 
 
 
104 aa  68.2  4e-11  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4819  malonate decarboxylase subunit delta  39.81 
 
 
104 aa  63.9  6e-10  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0030528  normal  0.0215828 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1846  malonate decarboxylase subunit delta  38.83 
 
 
104 aa  61.2  5e-09  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.431164  normal  0.0404894 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2494  malonate decarboxylase subunit beta  43.84 
 
 
398 aa  58.9  2e-08  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4591  malonate decarboxylase subunit delta  37.37 
 
 
97 aa  58.5  3e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1323  malonate decarboxylase delta subunit  41.03 
 
 
105 aa  57  9e-08  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5300  malonate decarboxylase subunit delta  36.46 
 
 
99 aa  55.5  2e-07  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0185223  normal  0.233659 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5085  malonate decarboxylase, delta subunit  37.5 
 
 
99 aa  55.5  3e-07  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0444  malonate decarboxylase subunit delta  36.46 
 
 
99 aa  53.5  9e-07  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1058  malonate decarboxylase delta subunit  38.89 
 
 
104 aa  53.1  1e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.453426  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10300  malonate decarboxylase subunit delta  36.84 
 
 
99 aa  52.4  2e-06  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00121331  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0948  malonate decarboxylase subunit delta  35.05 
 
 
107 aa  52.8  2e-06  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.798455  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02570  malonate decarboxylase subunit delta  40 
 
 
99 aa  52  3e-06  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00238435  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0294  malonate decarboxylase subunit delta  40 
 
 
99 aa  50.1  1e-05  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.329066  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4941  malonate decarboxylase acyl carrier protein  40 
 
 
101 aa  49.3  2e-05  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0738205 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3865  malonate decarboxylase acyl carrier protein  40 
 
 
101 aa  49.3  2e-05  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3297  malonate decarboxylase delta subunit  37.5 
 
 
104 aa  49.3  2e-05  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425131  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2881  malonate decarboxylase subunit delta  35.05 
 
 
99 aa  47.4  7e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.593652  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2440  malonate decarboxylase subunit delta  35.05 
 
 
99 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0411324  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4927  malonate decarboxylase subunit delta  32.26 
 
 
105 aa  42  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.461711  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1245  malonate decarboxylase acyl carrier protein  34.38 
 
 
99 aa  42  0.003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3777  malonate decarboxylase delta subunit  33.33 
 
 
99 aa  40.4  0.008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0104183 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>