160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_R0011 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.836815 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0005  tRNA-Arg  98.61 
 
 		 73 bp  135  1.9999999999999998e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0009  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 73 bp  127  4.0000000000000003e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0057  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.921424  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0061  tRNA-Arg  98.48 
 
 		 73 bp  123  6e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0008  tRNA-Arg  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56031  normal  0.0314068 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0007  tRNA-Arg  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.866395  normal  0.129572 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0063  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0006  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 73 bp  119  9e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0483173  normal  0.730879 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02200  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0005  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 73 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27060  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.14879  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0052  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.483727  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0007  tRNA-Arg  95.31 
 
 		 73 bp  103  5e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.818817  hitchhiker  0.0000144488 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0059  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.673271  normal  0.352289 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0006  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0057  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.32045  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0056  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0061  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.381329 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0054  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0007  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0009  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00118273  normal  0.0247339 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0005  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134244  hitchhiker  0.00821182 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0007  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26100  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0006  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0055  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01900  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.952445 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0057  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.783183  normal  0.0478454 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0009  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14043  tRNA-Arg  94.83 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0938748  normal  0.536997 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0006  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0006  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.652554  normal  0.867561 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0098  tRNA-Arg  93.65 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237653  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0044  tRNA-Arg  96.23 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0006  tRNA-Arg  94.34 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0003  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0111  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0023  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.157994  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0065  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.68192e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0070  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0135947  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0020  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0062  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0080  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0050  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000344943  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt025  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000274648  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0740  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0040  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000753452  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0063  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.257054  normal  0.817877 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0053  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000000376557  hitchhiker  8.69297e-22 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0008  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.119735  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0009  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.190028  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0065  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0040  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0238659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0045  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000178577  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0014  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0054104  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1390  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0048  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00527947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306891  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000144377  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0038  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000962108  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0075  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0336588  normal  0.167118 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0004  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000109106  hitchhiker  0.000000979615 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0074  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.214945  normal  0.0186415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0073  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0334758  normal  0.0113407 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0072  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0596228 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0022  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000027529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0038  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.427754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0007  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0847038  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0043  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0006  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.981742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0032  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0051  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0856263  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0007  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0012  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.75723  normal  0.670239 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362907  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.279454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0052  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.888943  normal  0.34403 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309183  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.609025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309275  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA39  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.220768 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309359  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0044  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0235767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0056  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000119061  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt32  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt32  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0023  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.909867  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0025  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00179903  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0001  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.432405  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0002  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.823848  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0023  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0022  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000000830353  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1429  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>