10 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0080 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0080  putative ATP/GTP binding protein  100 
 
 
131 aa  260  5e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4630  TIR protein  30.11 
 
 
291 aa  52  2e-06  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.788158  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2632  hypothetical protein  25 
 
 
292 aa  49.3  2e-05  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.801014 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3804  TIR protein  28.12 
 
 
374 aa  44.7  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.213149  normal  0.0124229 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1565  restriction endonuclease  25.78 
 
 
290 aa  44.3  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.380893 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2375  hypothetical protein  24.19 
 
 
303 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000173875  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0257  hypothetical protein  30.99 
 
 
404 aa  41.2  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.32081  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3012  hypothetical protein  31.91 
 
 
314 aa  40.4  0.007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3920  helix-turn-helix, AraC type  25.38 
 
 
367 aa  40.4  0.008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.597723 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1808  TIR protein  37.84 
 
 
500 aa  40  0.009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.11372e-07 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>