More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1259 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_2533  glutamyl-tRNA synthetase  72.53 
 
 
473 aa  719  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  3.8789e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1806  glutamyl-tRNA synthetase  69.85 
 
 
509 aa  709  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2822  glutamyl-tRNA synthetase  73.35 
 
 
469 aa  725  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  5.9188e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1325  glutamyl-tRNA synthetase  84.5 
 
 
471 aa  845  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.99689e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2552  glutamyl-tRNA synthetase  99.36 
 
 
471 aa  983  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.12104e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2537  glutamyl-tRNA synthetase  100 
 
 
471 aa  989  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.81823e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2689  glutamyl-tRNA synthetase  100 
 
 
471 aa  989  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  5.85345e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2906  glutamyl-tRNA synthetase  71.64 
 
 
469 aa  717  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  8.36575e-07  normal  0.409064 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3417  glutamyl-tRNA synthetase  83.55 
 
 
469 aa  825  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  6.34908e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1456  glutamyl-tRNA synthetase  72.28 
 
 
469 aa  728  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.00274e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2947  glutamyl-tRNA synthetase  73.35 
 
 
469 aa  725  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  5.28448e-07  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2739  glutamyl-tRNA synthetase  84.08 
 
 
471 aa  842  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  4.64093e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2499  glutamyl-tRNA synthetase  73.35 
 
 
469 aa  728  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  1.72182e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2931  glutamyl-tRNA synthetase  92.14 
 
 
471 aa  922  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  4.00457e-07  normal  0.117314 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0456  glutamyl-tRNA synthetase  63.36 
 
 
466 aa  644  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2919  glutamyl-tRNA synthetase  66.45 
 
 
469 aa  670  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  1.59151e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0456  glutamyl-tRNA synthetase  69.33 
 
 
480 aa  701  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1365  glutamyl-tRNA synthetase  73.35 
 
 
469 aa  726  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.24879e-07  normal  0.0325353 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1430  glutamyl-tRNA synthetase  73.35 
 
 
469 aa  726  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  6.1517e-06  normal  0.749503 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2714  glutamyl-tRNA synthetase  71.22 
 
 
469 aa  714  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.69422e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1418  glutamyl-tRNA synthetase  73.35 
 
 
469 aa  726  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.45575e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2207  glutamyl-tRNA synthetase  75.48 
 
 
469 aa  753  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  2.88711e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1626  glutamyl-tRNA synthetase  68.95 
 
 
470 aa  697  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0744892  normal  0.201462 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2802  glutamyl-tRNA synthetase  73.56 
 
 
469 aa  727  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.60001e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1449  glutamyl-tRNA synthetase  72.71 
 
 
469 aa  729  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  5.65413e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1437  glutamyl-tRNA synthetase  84.5 
 
 
471 aa  845  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  8.38412e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1272  glutamyl-tRNA synthetase  99.79 
 
 
471 aa  988  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  3.52174e-07  hitchhiker  0.00569831 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2798  glutamyl-tRNA synthetase  86.38 
 
 
472 aa  858  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0783891  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02306  glutamyl-tRNA synthetase  100 
 
 
471 aa  989  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  1.63468e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3632  glutamyl-tRNA synthetase  99.58 
 
 
471 aa  985  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  9.08657e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1554  glutamyl-tRNA synthetase  73.35 
 
 
469 aa  725  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  3.282e-08  normal  0.0351282 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3216  glutamyl-tRNA synthetase  62.96 
 
 
470 aa  649  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0589016  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02267  hypothetical protein  100 
 
 
471 aa  989  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  2.11719e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2350  glutamyl-tRNA synthetase  67.52 
 
 
474 aa  681  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1055  glutamyl-tRNA synthetase  85.99 
 
 
471 aa  860  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.291926  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3084  glutamyl-tRNA synthetase  86.84 
 
 
471 aa  860  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00745356  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1191  glutamyl-tRNA synthetase  86.2 
 
 
471 aa  857  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0302622  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004184  glutamyl-tRNA synthetase  69.28 
 
 
475 aa  706  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.926878  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1259  glutamyl-tRNA synthetase  100 
 
 
471 aa  989  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  1.07097e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2779  glutamyl-tRNA synthetase  94.9 
 
 
471 aa  946  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00021769  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2607  glutamyl-tRNA synthetase  95.12 
 
 
471 aa  949  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00191122  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01271  glutamyl-tRNA synthetase  69.49 
 
 
475 aa  704  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1728  glutamyl-tRNA synthetase  72.07 
 
 
469 aa  726  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  4.33955e-07  normal  0.283148 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2673  glutamyl-tRNA synthetase  95.12 
 
 
471 aa  949  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0521229  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2649  glutamyl-tRNA synthetase  95.12 
 
 
471 aa  949  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  6.33167e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2558  glutamyl-tRNA synthetase  95.12 
 
 
471 aa  949  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.65684e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2779  glutamyl-tRNA synthetase  99.58 
 
 
471 aa  985  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.72763e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1579  glutamyl-tRNA synthetase  61.03 
 
 
470 aa  609  1e-173  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.496089  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1234  glutamyl-tRNA synthetase  60.55 
 
 
468 aa  604  1e-172  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.966582  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1875  glutamyl-tRNA synthetase  59.53 
 
 
470 aa  599  1e-170  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1886  glutamyl-tRNA synthetase  59.1 
 
 
470 aa  595  1e-169  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1216  glutamyl-tRNA synthetase  58.8 
 
 
470 aa  596  1e-169  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  5.00466e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0814  glutamyl-tRNA synthetase  59.57 
 
 
468 aa  587  1e-166  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.407873  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1892  glutamyl-tRNA synthetase  57.14 
 
 
473 aa  580  1e-164  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.935684  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0298  glutamyl-tRNA synthetase  57.14 
 
 
469 aa  581  1e-164  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1302  glutamyl-tRNA synthetase  58.1 
 
 
471 aa  571  1e-162  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0264  glutamyl-tRNA synthetase  56.72 
 
 
469 aa  559  1e-158  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.530461  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0422  glutamyl-tRNA synthetase  56.2 
 
 
466 aa  540  1e-152  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.869081  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0584  glutamyl-tRNA synthetase  56.2 
 
 
466 aa  540  1e-152  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.779579  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1274  glutamyl-tRNA synthetase  54.19 
 
 
472 aa  528  1e-148  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1321  glutamyl-tRNA synthetase  56.17 
 
 
464 aa  526  1e-148  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  2.46268e-09  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1590  glutamyl-tRNA synthetase  53.76 
 
 
467 aa  522  1e-147  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  2.81277e-07 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2028  glutamyl-tRNA synthetase  54.23 
 
 
467 aa  518  1e-146  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1952  glutamyl-tRNA synthetase  54.21 
 
 
472 aa  518  1e-146  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.247366  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1736  glutamyl-tRNA synthetase  53.66 
 
 
465 aa  515  1e-145  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.872954  normal  0.596825 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1219  glutamyl-tRNA synthetase  52.59 
 
 
466 aa  514  1e-145  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.144634  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0683  glutamyl-tRNA synthetase  53.75 
 
 
467 aa  511  1e-144  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1604  glutamyl-tRNA synthetase  53.02 
 
 
465 aa  514  1e-144  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.161822  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1950  glutamyl-tRNA synthetase  54.66 
 
 
467 aa  511  1e-143  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1734  glutamyl-tRNA synthetase  54.21 
 
 
472 aa  508  1e-143  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.70962  normal  0.372059 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04820  glutamyl-tRNA synthetase  53.98 
 
 
467 aa  505  1e-142  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1209  glutamyl-tRNA synthetase  52.9 
 
 
467 aa  503  1e-141  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0142351 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0584  glutamyl-tRNA synthetase  51.84 
 
 
466 aa  500  1e-140  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0242919  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1650  glutamyl-tRNA synthetase  50.97 
 
 
466 aa  495  1e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.93151e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1366  glutamyl-tRNA synthetase  52.81 
 
 
468 aa  498  1e-139  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000255518  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3484  glutamyl-tRNA synthetase  52.16 
 
 
469 aa  495  1e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2300  glutamyl-tRNA synthetase  50.11 
 
 
467 aa  486  1e-136  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0121801  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1944  glutamyl-tRNA synthetase  48.81 
 
 
467 aa  481  1e-134  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2279  glutamyl-tRNA synthetase  48.37 
 
 
467 aa  479  1e-134  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  5.0225e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2123  glutamyl-tRNA synthetase  48.17 
 
 
468 aa  468  1e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000117381  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1114  glutamyl-tRNA synthetase  48.59 
 
 
465 aa  470  1e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00321012  normal  0.762365 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0944  glutamyl-tRNA synthetase  48.18 
 
 
472 aa  465  1e-130  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  1.63057e-08  hitchhiker  0.00772012 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1022  glutamyl-tRNA synthetase  48.48 
 
 
465 aa  466  1e-130  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  1.73341e-06  normal  0.120232 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5365  glutamyl-tRNA synthetase  50.21 
 
 
512 aa  466  1e-130  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  5.1324e-08  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2140  glutamyl-tRNA synthetase  49.24 
 
 
465 aa  468  1e-130  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  8.04672e-05  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1179  glutamyl-tRNA synthetase  48.91 
 
 
500 aa  468  1e-130  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  9.96044e-05  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2088  glutamyl-tRNA synthetase  49.79 
 
 
469 aa  465  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  1.51116e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2628  glutamyl-tRNA synthetase  49.57 
 
 
504 aa  463  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  1.91371e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1984  glutamyl-tRNA synthetase  49.14 
 
 
469 aa  463  1e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  4.34285e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1376  glutamyl-tRNA synthetase  49.57 
 
 
469 aa  464  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00012912  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2541  glutamyl-tRNA synthetase  49.57 
 
 
504 aa  463  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.20953  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2103  glutamyl-tRNA synthetase  49.57 
 
 
469 aa  464  1e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  1.4771e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2487  glutamyl-tRNA synthetase  49.57 
 
 
504 aa  463  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  2.51622e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1600  glutamyl-tRNA synthetase  49.57 
 
 
469 aa  464  1e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000105625  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3210  glutamyl-tRNA synthetase  49.57 
 
 
469 aa  464  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  3.43347e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1958  glutamyl-tRNA synthetase  49.14 
 
 
469 aa  458  1e-128  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  8.46631e-08  normal  0.452731 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0950  glutamyl-tRNA synthetase  47.76 
 
 
468 aa  459  1e-128  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2495  glutamyl-tRNA synthetase  48.93 
 
 
469 aa  459  1e-128  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  5.36822e-07  hitchhiker  0.00468963 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1377  glutamyl-tRNA synthetase  48.5 
 
 
469 aa  457  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  7.9335e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2075  glutamyl-tRNA synthetase  49.36 
 
 
469 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  4.67012e-08  normal  0.81702 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>