More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_0395 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03169  50S ribosomal protein L23  100 
 
 
100 aa  198  2e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000759178  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0395  50S ribosomal protein L23  100 
 
 
100 aa  198  2e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  8.0861e-06  hitchhiker  0.00030352 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3613  50S ribosomal protein L23  100 
 
 
100 aa  198  2e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  8.47098e-06  hitchhiker  0.00309782 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3703  50S ribosomal protein L23  100 
 
 
100 aa  198  2e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.25733e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4641  50S ribosomal protein L23  100 
 
 
100 aa  198  2e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0287124  normal  0.0460173 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03120  hypothetical protein  100 
 
 
100 aa  198  2e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000565358  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0395  Ribosomal protein L25/L23  100 
 
 
100 aa  198  2e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  2.25919e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3512  50S ribosomal protein L23  100 
 
 
100 aa  198  2e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.92959e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3801  50S ribosomal protein L23  100 
 
 
100 aa  198  2e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  7.49996e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3707  50S ribosomal protein L23  99 
 
 
100 aa  197  4e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000802937  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3634  50S ribosomal protein L23  99 
 
 
100 aa  197  4e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  7.93915e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3742  50S ribosomal protein L23  99 
 
 
100 aa  197  4e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.344368  normal  0.0150111 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3634  50S ribosomal protein L23  99 
 
 
100 aa  197  4e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00980054  normal  0.223242 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3805  50S ribosomal protein L23  99 
 
 
100 aa  197  4e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000686351  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3749  50S ribosomal protein L23  98 
 
 
100 aa  195  2e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  4.8697e-06  hitchhiker  0.00429034 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4542  50S ribosomal protein L23  95 
 
 
100 aa  191  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.72317e-09  hitchhiker  0.00176531 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0407  50S ribosomal protein L23  95 
 
 
100 aa  189  8e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00180319  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0325  50S ribosomal protein L23  94 
 
 
100 aa  188  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.18373e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3999  50S ribosomal protein L23  94 
 
 
100 aa  187  3e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  1.01961e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3820  50S ribosomal protein L23  94 
 
 
100 aa  187  3e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  4.60172e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3913  50S ribosomal protein L23  92 
 
 
100 aa  187  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.78804e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0586  50S ribosomal protein L23  92 
 
 
100 aa  187  4e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.08369e-09  normal  0.186609 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0285  50S ribosomal protein L23  92 
 
 
100 aa  187  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  2.48684e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2172  50S ribosomal protein L23  81 
 
 
100 aa  162  1e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.67938e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001740  LSU ribosomal protein L23p (L23Ae)  80 
 
 
100 aa  159  9e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  4.23409e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00732  50S ribosomal protein L23  80 
 
 
100 aa  159  9e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0201  50S ribosomal protein L23  74 
 
 
101 aa  148  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  6.98801e-06  unclonable  1.84888e-11 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0871  50S ribosomal protein L23  75.51 
 
 
100 aa  149  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0196  50S ribosomal protein L23  74 
 
 
101 aa  148  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000848979  decreased coverage  0.000284829 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0172  50S ribosomal protein L23  73 
 
 
100 aa  148  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  2.43767e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0233  50S ribosomal protein L23  74 
 
 
101 aa  147  5e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0201  50S ribosomal protein L23  74 
 
 
101 aa  147  6e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.18285e-09  hitchhiker  1.27878e-09 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4054  50S ribosomal protein L23  73 
 
 
101 aa  146  1e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.282e-06  unclonable  5.66696e-12 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0322  50S ribosomal protein L23  74 
 
 
100 aa  146  1e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00637694  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0198  50S ribosomal protein L23  73 
 
 
101 aa  146  1e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  7.95974e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4168  50S ribosomal protein L23  73 
 
 
101 aa  146  1e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  4.63544e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3757  50S ribosomal protein L23  73 
 
 
101 aa  146  1e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  2.28479e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0202  50S ribosomal protein L23  73 
 
 
101 aa  146  1e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  2.51497e-07  unclonable  7.70372e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0186  50S ribosomal protein L23  71 
 
 
100 aa  146  1e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000102577  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0215  50S ribosomal protein L23  70.41 
 
 
100 aa  144  4e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  9.57762e-07  unclonable  6.93674e-06 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0061  50S ribosomal protein L23  71.72 
 
 
101 aa  143  7e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  1.05028e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0150  50S ribosomal protein L23  71 
 
 
100 aa  142  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  1.25205e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0160  50S ribosomal protein L23  69.39 
 
 
99 aa  141  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.44621e-05  decreased coverage  4.12321e-05 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0471  50S ribosomal protein L23  70.1 
 
 
100 aa  135  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  3.95002e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3522  ribosomal protein L25/L23  69.07 
 
 
99 aa  134  3e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  4.57129e-06  hitchhiker  6.22944e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4315  50S ribosomal protein L23  65.31 
 
 
99 aa  133  7e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  2.09174e-06  unclonable  5.39649e-11 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4688  50S ribosomal protein L23  66.33 
 
 
99 aa  133  9e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.343e-07  unclonable  1.69741e-08 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0330  ribosomal protein L23  63 
 
 
100 aa  132  1e-30  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00447  50S ribosomal protein L23  75.64 
 
 
79 aa  119  1e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000740057  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0460  50S ribosomal protein L23P  58.59 
 
 
99 aa  117  7e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3336  50S ribosomal protein L23  57.73 
 
 
101 aa  115  2e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  1.12822e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0856  50S ribosomal protein L23  56.7 
 
 
98 aa  113  9e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.483725  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0407  50S ribosomal protein L23P  58.76 
 
 
101 aa  112  2e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  2.8308e-08  normal  0.141179 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08870  50S ribosomal protein L23  53.54 
 
 
99 aa  108  2e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.679116  hitchhiker  0.00894178 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0839  50S ribosomal protein L23  53.54 
 
 
99 aa  108  2e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225205  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06270  50S ribosomal protein L23  54.55 
 
 
99 aa  107  4e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0219554  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2322  50S ribosomal protein L23  57.29 
 
 
98 aa  107  6e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  3.34931e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4911  50S ribosomal protein L23  59.57 
 
 
111 aa  106  9e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  7.71327e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5077  50S ribosomal protein L23  54.55 
 
 
99 aa  106  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  5.3863e-08  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0486  50S ribosomal protein L23  55.56 
 
 
99 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00438289  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4546  50S ribosomal protein L23  54.55 
 
 
99 aa  106  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.215144  normal  0.061023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0456  50S ribosomal protein L23  55.56 
 
 
99 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0420406  unclonable  1.64588e-07 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0489  50S ribosomal protein L23  55.56 
 
 
99 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  1.9112e-08  normal  0.107844 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0628  ribosomal protein L23  54.55 
 
 
99 aa  106  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  2.67442e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4747  50S ribosomal protein L23  55.56 
 
 
99 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000334762  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0321  50S ribosomal protein L23  55.1 
 
 
100 aa  105  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  5.11411e-18  hitchhiker  6.47477e-07 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0281  50S ribosomal protein L23  53.68 
 
 
102 aa  104  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  9.26616e-10  hitchhiker  1.49946e-06 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0340  50S ribosomal protein L23  57.29 
 
 
104 aa  103  6e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00586276  hitchhiker  0.000885961 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3907  50S ribosomal protein L23  52.53 
 
 
99 aa  103  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.104737  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1266  50S ribosomal protein L23  57.29 
 
 
104 aa  103  8e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  3.10284e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0251  50S ribosomal protein L23  56.52 
 
 
104 aa  103  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  3.96316e-07  normal  0.0882759 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3167  50S ribosomal protein L23  56.52 
 
 
104 aa  103  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  1.45787e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0269  50S ribosomal protein L23  56.52 
 
 
104 aa  103  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000217193  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1926  50S ribosomal protein L23  56.52 
 
 
104 aa  103  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  5.97608e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0278  50S ribosomal protein L23  56.52 
 
 
104 aa  103  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  3.01066e-11  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0329  50S ribosomal protein L23  56.52 
 
 
104 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  1.04942e-07  normal  0.0187974 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0350  50S ribosomal protein L23  56.52 
 
 
104 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  1.62065e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3744  50S ribosomal protein L23  56.52 
 
 
104 aa  103  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  1.0751e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3480  50S ribosomal protein L23  56.52 
 
 
104 aa  103  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  3.57625e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3802  50S ribosomal protein L23  56.52 
 
 
104 aa  103  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00374922  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2757  50S ribosomal protein L23  56.52 
 
 
104 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  3.00049e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3449  50S ribosomal protein L23  56.52 
 
 
104 aa  103  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  2.44074e-12  normal  0.012759 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3066  50S ribosomal protein L23  56.52 
 
 
104 aa  103  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  1.81446e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2630  50S ribosomal protein L23  56.52 
 
 
104 aa  103  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  2.25404e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0258  50S ribosomal protein L23  55.32 
 
 
108 aa  102  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000322493  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3774  50S ribosomal protein L23  56.52 
 
 
104 aa  103  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  5.18594e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3793  50S ribosomal protein L23  57.29 
 
 
108 aa  103  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0844484  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0205  50S ribosomal protein L23  55.32 
 
 
108 aa  102  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2838  50S ribosomal protein L23  56.52 
 
 
104 aa  102  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  2.38806e-07  normal  0.241874 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2322  ribosomal L23 protein  54.26 
 
 
98 aa  102  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  6.00083e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3997  50S ribosomal protein L23  57.29 
 
 
108 aa  101  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37329e-06 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0758  50S ribosomal protein L23  51.52 
 
 
99 aa  101  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  1.56644e-07  normal  0.0173378 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3441  50S ribosomal protein L23  56.25 
 
 
104 aa  101  3e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  5.20161e-05  normal  0.334367 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3642  50S ribosomal protein L23  55.43 
 
 
104 aa  101  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  1.01067e-08  hitchhiker  1.69859e-11 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0316  50S ribosomal protein L23  55.43 
 
 
104 aa  101  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  5.11744e-08  decreased coverage  0.00276856 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0962  50S ribosomal protein L23  58.24 
 
 
98 aa  100  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  4.02083e-05  hitchhiker  1.37402e-06 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0280  50S ribosomal protein L23  55.21 
 
 
104 aa  100  8e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00123621  hitchhiker  7.48159e-09 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0275  50S ribosomal protein L23  55.21 
 
 
104 aa  100  8e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  5.21502e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0682  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
94 aa  99.8  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.633867  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1348  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
94 aa  99.8  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>