More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0057 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6039  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.551037 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  94.23 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0029  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0049  tRNA-Arg  95.74 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0011  tRNA-Arg  94.23 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 80 bp  71.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0052  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.165142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  97.37 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  97.37 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5708  tRNA-Met  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4409  tRNA-Met  86.96 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00224529  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-8  tRNA-Met  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00195943  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-7  tRNA-Met  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0012  tRNA-Thr  89.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458677 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-1  tRNA-Met  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0139099  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-5  tRNA-Met  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0325  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.924352  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309129  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.751283  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5791  tRNA-Met  86.96 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4296  tRNA-Met  86.96 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000610451 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0844  tRNA-Met  86.96 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.639074  normal  0.0213952 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0032  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.51737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>