More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_R0053 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_R0053  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0070  tRNA-Val  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.817758 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R25  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00112378  normal  0.0215792 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R27  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000323391  normal  0.0212721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R36  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0043  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000280883  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0036  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000106131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0031  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000744729  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0015  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0394069 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1167  tRNA-Val  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0026  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0028  tRNA-Val  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0027  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00584836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2039  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0044  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0017  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1859  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00131515  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0090  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000163432  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0072  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0117931  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0089  tRNA-Val  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000177778  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21800  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000344548  normal  0.0953285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24110  tRNA-Val  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000487057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0038  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0061  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.03181 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-2  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0086  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.211919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0011  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0084  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.150766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0053  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0033  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.166955 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0036  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0020  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0037  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104744  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0018  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0179494 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0020  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0102813 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0035  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.309036  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0069  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0543632  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  88.57 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0020  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000915512  hitchhiker  0.000000256884 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0915  tRNA-Val  87.14 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118093  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t26  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t28  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.199855 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t43  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0556993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1639  tRNA-Val  86.3 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.42917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0506  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000210489  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60430  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0062  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0037  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599971  normal  0.116724 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-1  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000143563  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-3  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t48  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t50  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0076  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0009  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748453  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0062  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0009  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000461705  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA26  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.241705  normal  0.163758 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA28  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000265839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0076  tRNA-Val  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0022  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0004  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.31684 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0059  tRNA-Val  87.72 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0032  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0277  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.5301700000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0032  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0382858 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna41  tRNA-Val  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0016  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0267125  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0014  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.20827  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0032  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000419269  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0023  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1915  tRNA-Ala  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000764546  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0032  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0055  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0368844  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0015  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0003  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.897638  normal  0.0843141 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-2  tRNA-Val  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00946418  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-4  tRNA-Val  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-5  tRNA-Val  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0033  tRNA-Val  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000215711  hitchhiker  0.00721353 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0077  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000297609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0083  tRNA-Val  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>