More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_R0026 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00329777  normal  0.13088 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0058  tRNA-Leu  95.29 
 
 
85 bp  137  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0074  tRNA-Leu  95.29 
 
 
85 bp  137  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0048  tRNA-Leu  94.87 
 
 
85 bp  123  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0045  tRNA-Leu  91.76 
 
 
85 bp  113  7e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0070  tRNA-Leu  91.76 
 
 
85 bp  113  7e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.128359 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0066  tRNA-Leu  91.76 
 
 
85 bp  113  7e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.421355 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0069  tRNA-Leu  91.76 
 
 
85 bp  113  7e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.365522  normal  0.0296897 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0016  tRNA-Leu  90.59 
 
 
85 bp  105  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  100 
 
 
86 bp  75.8  1e-12  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  97.44 
 
 
87 bp  69.9  9e-11  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  97.44 
 
 
87 bp  69.9  9e-11  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  97.44 
 
 
87 bp  69.9  9e-11  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  97.37 
 
 
85 bp  67.9  4e-10  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0033  tRNA-Leu  97.37 
 
 
90 bp  67.9  4e-10  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.37116 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  97.37 
 
 
87 bp  67.9  4e-10  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  97.37 
 
 
87 bp  67.9  4e-10  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  97.37 
 
 
87 bp  67.9  4e-10  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  97.37 
 
 
87 bp  67.9  4e-10  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  97.37 
 
 
87 bp  67.9  4e-10  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0020  tRNA-Leu  88.41 
 
 
87 bp  67.9  4e-10  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.424906  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0063  tRNA-Leu  97.37 
 
 
88 bp  67.9  4e-10  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.294386  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0045  tRNA-Leu  97.37 
 
 
89 bp  67.9  4e-10  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.259532  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  97.37 
 
 
87 bp  67.9  4e-10  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0035  tRNA-Leu  97.37 
 
 
88 bp  67.9  4e-10  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248446  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0055  tRNA-Leu  97.37 
 
 
86 bp  67.9  4e-10  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.924042  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  87.88 
 
 
98 bp  61.9  2e-08  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  87.88 
 
 
87 bp  61.9  2e-08  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  87.88 
 
 
87 bp  61.9  2e-08  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0185  tRNA-Leu  94.87 
 
 
89 bp  61.9  2e-08  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5232  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  8.56484e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5234  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  9.00844e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0027  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  9e-08  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.787126 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4967  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  6.70615e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0527  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  7.11336e-11  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4968  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  6.50666e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4201  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21132e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4969  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  6.25029e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0030  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4321  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  3.41532e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0027  tRNA-Leu  97.37 
 
 
88 bp  60  9e-08  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4728  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.12107e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.41658e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.64855e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4712  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.85537e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5114  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.53961e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.49408e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4274  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5882  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.119438  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0005  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  3.29783e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4273  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.901226  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0028  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.324618 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0029  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.322054 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4272  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.645936  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.38011e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0841  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4876  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  8.654e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4806  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  5.84186e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4144  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  3.90676e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4963  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000169309  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4962  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000175711  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4161  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.30562e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4956  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.62786e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4957  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4958  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4961  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000179002  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  1.00431e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4911  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000387587  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0012  tRNA-Leu  97.37 
 
 
88 bp  60  9e-08  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.594813  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4910  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00037453  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4909  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  5.11296e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0036  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.230012  normal  0.790911 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4807  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  3.60062e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4808  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  5.2486e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0034  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.956529  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0035  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761901  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0036  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777471  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0044  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0171508  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0095  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0436868  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  5.7209e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  2.25021e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  2.52066e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4916  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  6.45766e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  9.63852e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4875  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  8.98834e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4874  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  9.6251e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4159  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  7.04733e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4213  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000788892  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0052  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  9e-08  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0023  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0022  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0021  tRNA-Leu  94.74 
 
 
87 bp  60  9e-08  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0030  tRNA-Leu  94.74 
 
 
85 bp  60  9e-08  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0290157  normal  0.678466 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0076  tRNA-Leu  94.74 
 
 
86 bp  60  9e-08  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0075  tRNA-Leu  94.74 
 
 
86 bp  60  9e-08  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0074  tRNA-Leu  94.74 
 
 
86 bp  60  9e-08  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0010  tRNA-Leu  94.74 
 
 
86 bp  60  9e-08  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000415832  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>