More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5255 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5255  glycerophosphodiester phosphodiesterase  100 
 
 
240 aa  495  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.457448  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3304  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  36.51 
 
 
628 aa  134  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.76305  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18890  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  36.29 
 
 
266 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.231649  normal  0.337181 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2954  glycerophosphodiester phosphodiesterase  36.68 
 
 
631 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.35594  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1652  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  38.1 
 
 
247 aa  123  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0300286  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3080  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  36.36 
 
 
250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.943179  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3495  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  34.17 
 
 
247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.464671 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0238  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  34.71 
 
 
249 aa  108  8.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.204262 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1636  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.94 
 
 
627 aa  108  9.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.41391 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3339  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.44 
 
 
600 aa  107  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000608256  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6604  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  37.58 
 
 
289 aa  106  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.808367  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1581  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  39.73 
 
 
236 aa  106  3e-22  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.565806  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2689  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.47 
 
 
292 aa  105  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.693483  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2622  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.45 
 
 
291 aa  105  5e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000747655 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5469  glycerophosphodiester phosphodiesterase  34.57 
 
 
254 aa  104  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3514  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative  39.87 
 
 
314 aa  104  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.574468  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3666  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.98 
 
 
288 aa  104  1e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2245  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  36.29 
 
 
280 aa  104  1e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3300  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  37.89 
 
 
314 aa  103  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.12781  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3651  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  35.1 
 
 
249 aa  104  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.652029 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3215  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  39.22 
 
 
314 aa  103  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.367321  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0606  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.64 
 
 
239 aa  103  2e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3560  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  37.89 
 
 
314 aa  103  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3503  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  39.87 
 
 
314 aa  104  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3517  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  39.22 
 
 
314 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3270  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  39.22 
 
 
314 aa  103  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164149  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1745  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  37.74 
 
 
314 aa  102  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.68144  normal  0.568819 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06395  lycerophosphoryl diester phosphodiesterase  39.13 
 
 
250 aa  102  4e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5454  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  39.88 
 
 
241 aa  102  5e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3525  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  38.56 
 
 
314 aa  102  6e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2205  glycerophosphodiester phosphodiesterase  40 
 
 
314 aa  102  8e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0220  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.78 
 
 
254 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1117  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  38.03 
 
 
231 aa  100  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.14837  normal  0.407637 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5503  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  41.61 
 
 
241 aa  99.8  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3875  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.38 
 
 
247 aa  100  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3926  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.8 
 
 
247 aa  99.8  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3887  glycerophosphodiester phosphodiesterase  42.24 
 
 
241 aa  99.8  4e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.477333  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5167  glycerophosphodiester phosphodiesterase  41.61 
 
 
241 aa  99  5e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5496  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  38.73 
 
 
241 aa  99  5e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.779081  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3958  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  35.1 
 
 
249 aa  99.4  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0262456  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0260  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  35.1 
 
 
249 aa  99.4  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0608  glycerophosphodiester phosphodiesterase  45.45 
 
 
257 aa  99  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000146198 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2333  glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytosolic  49.11 
 
 
241 aa  97.8  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111179  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4041  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  34.84 
 
 
247 aa  97.4  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0327  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.89 
 
 
254 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.749062 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2228  hypothetical protein  45.45 
 
 
239 aa  97.4  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3017  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.23 
 
 
253 aa  97.4  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2682  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  36.13 
 
 
287 aa  97.1  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000205547 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2677  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  46.73 
 
 
594 aa  97.4  2e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.867713 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0069  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.34 
 
 
235 aa  97.4  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.571737  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1189  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  34.17 
 
 
250 aa  97.4  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.249302  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03298  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.45 
 
 
247 aa  96.3  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.96147  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0547  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase GlpQ, putative  43.22 
 
 
349 aa  97.1  3e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03251  hypothetical protein  30.45 
 
 
247 aa  96.3  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.957517  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5070  glycerophosphodiester phosphodiesterase (glycerophosphoryl diester phosphodiesterase)  34.78 
 
 
241 aa  96.7  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.422276  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0267  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.45 
 
 
247 aa  96.3  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0866161  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0095  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.33 
 
 
607 aa  95.9  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0683  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.62 
 
 
238 aa  96.3  4e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2703  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative  37.58 
 
 
287 aa  96.3  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000518352  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2200  hypothetical protein  44.44 
 
 
239 aa  96.3  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0959  glycerophosphodiester phosphodiesterase  41.98 
 
 
309 aa  96.3  4e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0955331  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0978  glycerophosphodiester phosphodiesterase  41.98 
 
 
309 aa  96.3  4e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.515324  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5552  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  40.99 
 
 
241 aa  95.9  5e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4209  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.51 
 
 
616 aa  95.9  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13160  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.18 
 
 
249 aa  95.9  5e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3646  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.86 
 
 
247 aa  95.9  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0307  glycerophosphodiester phosphodiesterase  43.9 
 
 
319 aa  95.9  5e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0091  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.33 
 
 
607 aa  95.9  5e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5054  glycerophosphodiester phosphodiesterase (glycerophosphoryl diester phosphodiesterase)  40.99 
 
 
241 aa  95.9  6e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0756  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  45.95 
 
 
244 aa  95.5  7e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.997295  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2623  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.84 
 
 
293 aa  95.5  7e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0749  glycerophosphodiester phosphodiesterase  46.79 
 
 
257 aa  95.5  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.620418 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0653  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  45.95 
 
 
250 aa  95.5  7e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2733  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.58 
 
 
287 aa  95.1  9e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011648  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1405  glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.91 
 
 
243 aa  95.1  9e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000995679  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4506  glycerophosphodiester phosphodiesterase  42.73 
 
 
253 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2061  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.2 
 
 
604 aa  94.4  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.36158  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1096  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.92 
 
 
250 aa  94.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.223987  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1700  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  46.53 
 
 
247 aa  94.7  1e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3727  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.54 
 
 
247 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0266  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.13 
 
 
247 aa  94  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2472  glycerophosphodiester phosphodiesterase  28.1 
 
 
291 aa  94  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.054422  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5222  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  40.37 
 
 
241 aa  93.6  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2446  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  35.48 
 
 
287 aa  94  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000022465  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5622  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  40.37 
 
 
241 aa  93.6  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3786  glycerophosphodiester phosphodiesterase  45.08 
 
 
291 aa  93.6  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4202  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.34 
 
 
261 aa  94  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5466  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  40.37 
 
 
241 aa  94  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4138  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.41 
 
 
249 aa  94  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2092  glycerophosphodiester phosphodiesterase  33.33 
 
 
250 aa  94  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.275875  normal  0.276307 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5208  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  47.25 
 
 
249 aa  93.2  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4762  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.13 
 
 
247 aa  93.2  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.240118 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3655  glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.14 
 
 
253 aa  93.6  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.244808  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2415  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  35.48 
 
 
287 aa  92.8  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.450596  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0074  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  43.55 
 
 
257 aa  92.8  4e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0090  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.9 
 
 
607 aa  92.8  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0513  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.47 
 
 
262 aa  92.4  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3857  cytoplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase  32 
 
 
248 aa  92.8  5e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3613  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  31.51 
 
 
301 aa  92.4  5e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.799557  normal  0.120743 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1216  glycerophosphodiester phosphodiesterase  32.53 
 
 
237 aa  92.8  5e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.112264  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>