60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0030 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_R0030  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  8.57099e-09  normal  0.523891 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07210  tRNA-Val  94.74 
 
 
75 bp  111  2e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  1.70104e-06  normal  0.87743 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09530  tRNA-Val  92.11 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0129641  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  91.38 
 
 
72 bp  67.9  3e-10  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0025  tRNA-Val  87.67 
 
 
75 bp  65.9  1e-09  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.962727  normal  0.312894 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0038  tRNA-Val  93.88 
 
 
72 bp  65.9  1e-09  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00268365  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  93.88 
 
 
72 bp  65.9  1e-09  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  86.84 
 
 
75 bp  63.9  5e-09  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  3.68107e-08  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  92.31 
 
 
75 bp  63.9  5e-09  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  92.31 
 
 
75 bp  63.9  5e-09  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  92.31 
 
 
75 bp  63.9  5e-09  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11940  tRNA-Val  86.84 
 
 
75 bp  63.9  5e-09  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  1.6484e-05  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0021  tRNA-Val  95.35 
 
 
75 bp  61.9  2e-08  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0036  tRNA-Val  95.35 
 
 
75 bp  61.9  2e-08  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0258762  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  95.35 
 
 
75 bp  61.9  2e-08  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14034  tRNA-Val  95.35 
 
 
75 bp  61.9  2e-08  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.22318e-11  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  95.35 
 
 
75 bp  61.9  2e-08  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  95.35 
 
 
75 bp  61.9  2e-08  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  95.35 
 
 
75 bp  61.9  2e-08  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  95.35 
 
 
75 bp  61.9  2e-08  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0029  tRNA-Val  93.48 
 
 
75 bp  60  8e-08  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0245746  normal  0.0651884 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0041  tRNA-Val  93.48 
 
 
72 bp  60  8e-08  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000505895  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0021  tRNA-Val  91.84 
 
 
72 bp  58  3e-07  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0008  tRNA-Val  89.58 
 
 
75 bp  56  1e-06  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  9.57098e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0027  tRNA-Val  89.09 
 
 
75 bp  54  5e-06  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0757548  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0028  tRNA-Val  89.09 
 
 
75 bp  54  5e-06  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.278514 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0027  tRNA-Val  89.36 
 
 
72 bp  54  5e-06  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  7.30329e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0029  tRNA-Val  88.24 
 
 
75 bp  54  5e-06  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16730  tRNA-Val  100 
 
 
72 bp  52  2e-05  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251043  normal  0.0595565 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0028  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  52  2e-05  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00986707 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13890  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  52  2e-05  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0287375  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0041  tRNA-Val  100 
 
 
72 bp  52  2e-05  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.532077  normal  0.0646966 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0038  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  52  2e-05  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0036  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  52  2e-05  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0035  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  52  2e-05  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.522217  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0033  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  52  2e-05  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.526612  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16760  tRNA-Val  100 
 
 
72 bp  52  2e-05  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.268589  normal  0.0588163 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13840  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  52  2e-05  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150199  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0033  tRNA-Val  91.3 
 
 
75 bp  52  2e-05  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.523176  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0032  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  52  2e-05  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.463355  normal  0.0505941 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0029  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  52  2e-05  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  3.37509e-05 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0031  tRNA-Val  100 
 
 
72 bp  52  2e-05  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.51767e-12 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0033  tRNA-Val  100 
 
 
72 bp  52  2e-05  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.37062e-13 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10750  tRNA-Val  100 
 
 
72 bp  52  2e-05  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0216656  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0028  tRNA-Val  92.68 
 
 
75 bp  50.1  7e-05  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.464795  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07570  tRNA-Val  86.79 
 
 
75 bp  50.1  7e-05  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.10137  normal  0.977811 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0046  tRNA-Val  88.24 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  9.10848e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0037  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1385  tRNA-Val  87.23 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0561605 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0037  tRNA-Val  96.3 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0040  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.241965  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1509  tRNA-Ile  91.18 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0457  tRNA-Ile  91.18 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0382527  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0078  tRNA-Ile  91.18 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.236946  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15510  tRNA-Val  96.15 
 
 
75 bp  44.1  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00141573  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0028  tRNA-Val  96.15 
 
 
72 bp  44.1  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000436096 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0027  tRNA-Val  96.15 
 
 
75 bp  44.1  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.60657 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0026  tRNA-Val  96.15 
 
 
75 bp  44.1  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0029  tRNA-Val  96.15 
 
 
72 bp  44.1  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.575368 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0037  tRNA-Val  96.15 
 
 
75 bp  44.1  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>