21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_0010 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0010  hypothetical protein  100 
 
 		 67 aa  135  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0502458  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4208  hypothetical protein  100 
 
 		 56 aa  112  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.33506  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  60 
 
 		 330 aa  53.9  0.0000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  60 
 
 		 330 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  60 
 
 		 330 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  60 
 
 		 330 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  60 
 
 		 330 aa  53.5  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  60 
 
 		 330 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  60 
 
 		 330 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  62.16 
 
 		 333 aa  51.6  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  53.66 
 
 		 341 aa  51.2  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  51.06 
 
 		 332 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  51.06 
 
 		 332 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  51.06 
 
 		 332 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  51.06 
 
 		 332 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  51.06 
 
 		 332 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  51.11 
 
 		 328 aa  45.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  53.66 
 
 		 338 aa  44.7  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  51.11 
 
 		 331 aa  43.9  0.0007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  46.81 
 
 		 333 aa  43.5  0.0009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  45.24 
 
 		 335 aa  42.4  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>