35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_R0071 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_R0071  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0090  tRNA-Asn  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0054  tRNA-Asn  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0029  tRNA-Asn  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0083  tRNA-Asn  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.233313  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0042  tRNA-Asn  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000010951  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1190  tRNA-Asn  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.370145  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6718  integrase family protein  100 
 
 		 1971 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0601  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 155 bp  48.1  0.0003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0064  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.187513  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0028  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0010  tRNA-Asn  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00716617  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt06  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00593265  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0589  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0075  tRNA-Asn  89.74 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000782806  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0037  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.148342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0034  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.171102  normal  0.94029 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0043  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0112314 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0682  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000249623  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0033  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00239768  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0649  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000525296  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0039  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000092174  hitchhiker  0.00180785 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0009  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0018  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0038  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.227517 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0025  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.810895  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALysVIMSS1309168  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.148138  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0029  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0127801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0052  tRNA-Asn  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.274445  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0041  tRNA-Asn  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000401156  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0032  tRNA-Asn  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000118975  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALysVIMSS1309373  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.589902  normal  0.683475 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALysVIMSS1309093  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALysVIMSS1309127  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNALysVIMSS1309193  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.238079  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>