19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2543 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2543  Cbb3-type cytochrome oxidase component  100 
 
 		 65 aa  135  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.915111  normal  0.769847 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0536  Cbb3-type cytochrome oxidase component  64.29 
 
 		 67 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.150564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0663  cytochrome c oxidase  50.77 
 
 		 77 aa  77  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3855  Cbb3-type cytochrome oxidase component  49.28 
 
 		 69 aa  72  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0694  Cbb3-type cytochrome c oxidase CcoQ subunit  57.14 
 
 		 67 aa  72  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2349  Cbb3-type cytochrome oxidase component  57.14 
 
 		 67 aa  72  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.337464  normal  0.494297 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4960  Cbb3-type cytochrome oxidase component  51.02 
 
 		 50 aa  60.8  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.779194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5017  Cbb3-type cytochrome oxidase component  48.98 
 
 		 50 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2094  cytochrome c oxidase FixQ chain  47.92 
 
 		 65 aa  57.4  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.064575  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1846  Cbb3-type cytochrome oxidase component  56.36 
 
 		 62 aa  54.7  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0377  cytochrome c oxidase, Cbb3-type, CcoQ subunit  52.17 
 
 		 52 aa  53.1  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5933  Cbb3-type cytochrome oxidase component  48.98 
 
 		 50 aa  53.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.404492  normal  0.435436 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6266  Cbb3-type cytochrome oxidase component  48.98 
 
 		 50 aa  53.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.496314  normal  0.190729 
 
 
-
 
NC_004310  BR0361  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  52.17 
 
 		 52 aa  53.1  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0467  Cbb3-type cytochrome oxidase component  50 
 
 		 52 aa  51.6  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.0000540469  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1530  Cbb3-type cytochrome oxidase component  34.48 
 
 		 74 aa  48.1  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2576  Cbb3-type cytochrome oxidase component  40.82 
 
 		 56 aa  47.8  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.973883  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3661  Cbb3-type cytochrome oxidase component  38.78 
 
 		 50 aa  44.7  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.678332 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2420  hypothetical protein  34.69 
 
 		 75 aa  41.6  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.437372  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>