More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0454 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE0454  hypothetical protein  100 
 
 		 276 aa  571  1.0000000000000001e-162  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0339442  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0949  C32 tRNA thiolase  35.8 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.744331 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0942  PP-loop domain-containing protein  35.86 
 
 		 294 aa  127  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.907512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4231  PP-loop domain-containing protein  36.4 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.92927  normal  0.191142 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0753  C32 tRNA thiolase  35.68 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0903  C32 tRNA thiolase  35.86 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02293  C32 tRNA thiolase  35.83 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003477  tRNA(Cytosine32)-2-thiocytidine synthetase  35.83 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0168289  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0952  PP-loop domain protein  35.44 
 
 		 291 aa  126  3e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0954  PP-loop domain protein  35.44 
 
 		 291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0735  C32 tRNA thiolase  35.27 
 
 		 283 aa  125  8.000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0509  C32 tRNA thiolase  36.02 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.252102  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0206  C32 tRNA thiolase  36.13 
 
 		 336 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3730  C32 tRNA thiolase  36.13 
 
 		 336 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0526035  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0974  PP-loop domain protein  34.17 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2892  C32 tRNA thiolase  35.29 
 
 		 336 aa  122  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00588342 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2039  C32 tRNA thiolase  35 
 
 		 331 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.605016  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3381  C32 tRNA thiolase  35 
 
 		 331 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000151455  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0519  C32 tRNA thiolase  35 
 
 		 331 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.339453  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2245  C32 tRNA thiolase  35 
 
 		 331 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.705781  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0327  C32 tRNA thiolase  35 
 
 		 331 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0340  C32 tRNA thiolase  35 
 
 		 331 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3054  C32 tRNA thiolase  35 
 
 		 331 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.31194  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2016  C32 tRNA thiolase  33.33 
 
 		 322 aa  122  8e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000499451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1959  C32 tRNA thiolase  33.33 
 
 		 322 aa  122  8e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791076 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2117  C32 tRNA thiolase  33.33 
 
 		 322 aa  122  8e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0387293 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0290  C32 tRNA thiolase  35 
 
 		 331 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.583518  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1708  PP-loop domain protein  35.02 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1993  C32 tRNA thiolase  35.02 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2975  C32 tRNA thiolase  33.75 
 
 		 331 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0516  C32 tRNA thiolase  35.02 
 
 		 314 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.366068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1896  C32 tRNA thiolase  35.27 
 
 		 289 aa  119  6e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.318261 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1793  C32 tRNA thiolase  33.33 
 
 		 302 aa  119  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4089  C32 tRNA thiolase  33.9 
 
 		 311 aa  118  7.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.425483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2366  C32 tRNA thiolase  33.61 
 
 		 326 aa  118  9e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2980  C32 tRNA thiolase  33.61 
 
 		 331 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2890  C32 tRNA thiolase  33.75 
 
 		 340 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.735906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3000  C32 tRNA thiolase  33.33 
 
 		 331 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6329  C32 tRNA thiolase  32.92 
 
 		 331 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.577363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1247  C32 tRNA thiolase  31.78 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3027  C32 tRNA thiolase  33.75 
 
 		 334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1801  C32 tRNA thiolase  33.47 
 
 		 319 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.313433 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4232  C32 tRNA thiolase  35 
 
 		 274 aa  115  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.636295  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1043  C32 tRNA thiolase  33.75 
 
 		 310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00286005  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0868  C32 tRNA thiolase  33.76 
 
 		 256 aa  115  7.999999999999999e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1463  PP-loop domain-containing protein  34.18 
 
 		 316 aa  115  8.999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1405  C32 tRNA thiolase  35.06 
 
 		 274 aa  115  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.237455 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2354  C32 tRNA thiolase  30.92 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2880  hypothetical protein  33.47 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1167  C32 tRNA thiolase  33.76 
 
 		 256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.958339  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1995  C32 tRNA thiolase  32.66 
 
 		 317 aa  113  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0619881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1841  C32 tRNA thiolase  32.26 
 
 		 323 aa  113  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000126519  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3705  C32 tRNA thiolase  34.17 
 
 		 274 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248731  hitchhiker  0.001028 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1661  C32 tRNA thiolase  37.07 
 
 		 299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1733  C32 tRNA thiolase  37.07 
 
 		 299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0060  C32 tRNA thiolase  33.05 
 
 		 315 aa  112  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.867348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2210  C32 tRNA thiolase  33.08 
 
 		 322 aa  112  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000285606  normal  0.272334 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0068  C32 tRNA thiolase  33.05 
 
 		 315 aa  112  5e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1684  hypothetical protein  34.02 
 
 		 274 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0695  C32 tRNA thiolase  35.29 
 
 		 317 aa  112  7.000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.283768  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2230  PP-loop domain-containing protein  33.33 
 
 		 279 aa  112  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.259403  normal  0.653141 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1243  C32 tRNA thiolase  32.77 
 
 		 274 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000805224 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2224  C32 tRNA thiolase  32.71 
 
 		 322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000167986  normal  0.0826377 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1750  C32 tRNA thiolase  33.62 
 
 		 368 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000779647 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2160  C32 tRNA thiolase  32.71 
 
 		 322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00960533  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0875  PP-loop  32.26 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00139883  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4497  C32 tRNA thiolase  33.33 
 
 		 310 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2211  C32 tRNA thiolase  33.33 
 
 		 310 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000587998  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1641  C32 tRNA thiolase  32.77 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.822283  normal  0.200546 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4076  C32 tRNA thiolase  32.77 
 
 		 274 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1203  C32 tRNA thiolase  32.77 
 
 		 274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2225  C32 tRNA thiolase  35.07 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28353 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2224  C32 tRNA thiolase  33.76 
 
 		 311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00242897  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2064  PP-loop superfamily ATPase  32.91 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2221  C32 tRNA thiolase  34.19 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2223  PP-loop domain-containing protein  32.19 
 
 		 264 aa  110  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2415  C32 tRNA thiolase  32.62 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.170221  decreased coverage  0.000000170238 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4143  C32 tRNA thiolase  33.48 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1499  C32 tRNA thiolase  34.45 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1949  C32 tRNA thiolase  31.85 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1777  C32 tRNA thiolase  34.45 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.101816 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2142  C32 tRNA thiolase  32.68 
 
 		 311 aa  109  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.614557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1837  C32 tRNA thiolase  34.03 
 
 		 311 aa  109  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.555568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1681  C32 tRNA thiolase  34.03 
 
 		 311 aa  109  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.0209698 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48870  C32 tRNA thiolase  33.33 
 
 		 274 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000116894  hitchhiker  0.0000000652379 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1774  C32 tRNA thiolase  34.03 
 
 		 311 aa  109  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.075518 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4186  C32 tRNA thiolase  33.33 
 
 		 274 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.610238  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2316  C32 tRNA thiolase  34.45 
 
 		 311 aa  109  5e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.415676  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0175  C32 tRNA thiolase  32.76 
 
 		 312 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.186206 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0635  PP-loop domain protein  32.33 
 
 		 276 aa  108  7.000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000208948  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2607  C32 tRNA thiolase  34.17 
 
 		 310 aa  108  7.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.560057 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1613  PP-loop domain-containing protein  32.47 
 
 		 273 aa  108  8.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0671  C32 tRNA thiolase  32.38 
 
 		 259 aa  108  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.51504e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2598  C32 tRNA thiolase  33.75 
 
 		 311 aa  107  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0505  PP-loop domain protein  38.6 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0494  C32 tRNA thiolase  38.6 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0548366 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2974  PP-loop family protein  32.07 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1573  C32 tRNA thiolase  32.49 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.539766  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0184  C32 tRNA thiolase  31.44 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02065  C32 tRNA thiolase  31.65 
 
 		 317 aa  107  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00588797  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>