33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssol_1888 on replicon CP001800
Organism: Sulfolobus solfataricus 98/2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001800  Ssol_1888  RNA polymerase Rpb6  100 
 
 
95 aa  188  2e-47  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.216577  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1673  DNA-directed RNA polymerase, subunit K  58.54 
 
 
110 aa  96.3  1e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0083987  normal  0.431934 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0502  DNA-directed RNA polymerase subunit K  56.76 
 
 
109 aa  81.6  0.000000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.982464  normal  0.408765 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1524  DNA-directed RNA polymerase subunit K  53.03 
 
 
109 aa  76.6  0.0000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.951161  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1772  DNA-directed RNA polymerase subunit K  50 
 
 
110 aa  75.9  0.0000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000021326 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1703  DNA-directed RNA polymerase subunit K  49.38 
 
 
109 aa  76.3  0.0000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.639739  normal  0.399247 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0462  RNA polymerase Rpb6  43.06 
 
 
104 aa  70.9  0.000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.163719 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2392  DNA-directed RNA polymerase, subunit K  52.46 
 
 
63 aa  64.3  0.0000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000536412  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2894  RNA polymerase Rpb6  59.26 
 
 
55 aa  61.2  0.000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.003737  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_10148  predicted protein  50.85 
 
 
129 aa  60.8  0.000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.313953  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0290  RNA polymerase Rpb6  50.82 
 
 
81 aa  60.5  0.000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.030804  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0932  RNA polymerase Rpb6  46.97 
 
 
182 aa  59.7  0.00000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.186024 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2597  RNA polymerase Rpb6  59.62 
 
 
58 aa  58.9  0.00000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.533381  normal  0.132481 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1824  RNA polymerase Rpb6  47.46 
 
 
59 aa  58.2  0.00000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2380  RNA polymerase Rpb6  50 
 
 
56 aa  58.2  0.00000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.000413044  normal  0.621236 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0929  RNA polymerase Rpb6  52.83 
 
 
57 aa  57.4  0.00000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0428  RNA polymerase Rpb6  47.46 
 
 
58 aa  56.2  0.0000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2516  RNA polymerase Rpb6  52.73 
 
 
58 aa  56.2  0.0000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.803203  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2546  RNA polymerase Rpb6  44.07 
 
 
61 aa  55.8  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1424  DNA-directed RNA polymerase, subunit K  43.33 
 
 
60 aa  56.2  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0159799 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2217  RNA polymerase Rpb6  55.56 
 
 
57 aa  56.2  0.0000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0479  RNA polymerase Rpb6  51.79 
 
 
60 aa  55.8  0.0000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_60409  subunit common to RNA polymerases I, II, and III  45.76 
 
 
157 aa  54.7  0.0000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.7613 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1808  RNA polymerase Rpb6  48.15 
 
 
55 aa  54.7  0.0000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.697543  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02747  DNA-directed RNA polymerase I, II, and III subunit Rpb6 (AFU_orthologue; AFUA_1G05160)  42.37 
 
 
198 aa  53.1  0.000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0516525  normal  0.594971 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_8797  predicted protein  40.68 
 
 
81 aa  52.8  0.000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.76808  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0266  RNA polymerase Rpb6  37.5 
 
 
58 aa  51.6  0.000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1239  hypothetical protein  47.27 
 
 
62 aa  51.6  0.000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0363462  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1346  RNA polymerase Rpb6  38.6 
 
 
59 aa  51.2  0.000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.222064  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0572  RNA polymerase Rpb6  36.84 
 
 
58 aa  50.8  0.000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.624479  normal  0.168113 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0638  RNA polymerase Rpb6  36.84 
 
 
56 aa  50.8  0.000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI01770  DNA-directed RNA polymerases I, II, and III polypeptide, putative  43.1 
 
 
148 aa  47.8  0.00005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.201814  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1093  RNA polymerase Rpb6  36.84 
 
 
61 aa  42  0.003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>