174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2386 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2386  urease subunit beta  100 
 
 		 101 aa  205  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.692731  normal  0.33076 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3054  urease subunit beta  84.16 
 
 		 101 aa  176  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.612969  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3310  urease subunit beta  83.17 
 
 		 101 aa  174  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3482  urease subunit beta  81.19 
 
 		 101 aa  169  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0334  urease subunit beta  72.28 
 
 		 101 aa  157  6e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3307  urease, gamma subunit  72.28 
 
 		 206 aa  156  8e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0704884  normal  0.481457 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1801  urease subunit beta  73.27 
 
 		 101 aa  154  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27877 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2306  urease subunit beta  70.3 
 
 		 108 aa  154  4e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0269  urease subunit beta  70.3 
 
 		 101 aa  152  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1747  urease, beta subunit  72.28 
 
 		 101 aa  152  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.641327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0283  urease subunit beta  70.3 
 
 		 101 aa  152  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.209152  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3503  urease subunit beta  72.28 
 
 		 104 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2368  urease subunit beta  69.31 
 
 		 101 aa  152  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.569035 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7011  urease subunit beta  72.28 
 
 		 101 aa  152  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.63705  normal  0.92315 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3695  urease subunit beta  71.29 
 
 		 104 aa  151  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2683  urease, beta subunit  70.3 
 
 		 101 aa  150  4e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.171584  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2416  urease subunit beta  70.3 
 
 		 105 aa  149  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.417471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0386  urease, beta subunit  69.31 
 
 		 101 aa  148  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1209  urease, beta subunit  69.31 
 
 		 105 aa  148  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4184  urease subunit beta  69.31 
 
 		 101 aa  148  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0986  urease subunit beta  71.29 
 
 		 101 aa  147  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0582515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0308  urease subunit beta  69.31 
 
 		 101 aa  147  5e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.441813  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1953  urease subunit beta  69.31 
 
 		 101 aa  147  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3244  urease, gamma subunit  69 
 
 		 206 aa  147  6e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.502966 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2012  urease, beta subunit  69.31 
 
 		 104 aa  147  6e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3019  urease, gamma subunit  69 
 
 		 206 aa  146  8e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0792777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2993  urease, beta subunit  67.33 
 
 		 101 aa  146  9e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3620  urease subunit beta  68.32 
 
 		 108 aa  145  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1026  urease, beta subunit  69.31 
 
 		 103 aa  145  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.447798 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2259  urease, beta subunit  69.31 
 
 		 101 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.972861  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2844  urease subunit beta  69.31 
 
 		 105 aa  145  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.478498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2994  urease subunit beta  66.34 
 
 		 105 aa  144  4.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1428  urease, beta subunit  68.32 
 
 		 101 aa  143  7.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.767872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2270  urease, beta subunit  67.33 
 
 		 113 aa  143  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.196186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2845  urease subunit beta  68.32 
 
 		 117 aa  143  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2863  urease, gamma subunit  69 
 
 		 206 aa  142  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.428533  normal  0.126627 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2489  urease subunit beta  69.31 
 
 		 101 aa  142  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.832851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2626  urease subunit beta  66.34 
 
 		 106 aa  142  2e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.531681 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1768  urease, beta subunit  69.31 
 
 		 102 aa  142  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3208  urease, gamma subunit  66 
 
 		 206 aa  142  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0693  urease subunit beta  67.33 
 
 		 101 aa  142  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2936  urease subunit beta  68.32 
 
 		 105 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0398  urease, gamma subunit  66 
 
 		 206 aa  141  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0791  urease subunit beta  70.3 
 
 		 101 aa  141  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0780  urease subunit beta  70.3 
 
 		 101 aa  141  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09890  urease subunit beta  67.33 
 
 		 101 aa  140  6e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.807213  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0960  urease subunit beta  67.33 
 
 		 101 aa  140  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.657667  normal  0.124248 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3103  urease, beta subunit  67.33 
 
 		 112 aa  140  7e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2881  urease  63.37 
 
 		 101 aa  140  8e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2256  urease subunit beta  66.34 
 
 		 106 aa  139  9e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1862  urease, beta subunit  66.34 
 
 		 101 aa  139  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.779138  normal  0.418463 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0422  urease subunit beta  68.32 
 
 		 101 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0901  urease subunit beta  68.32 
 
 		 101 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0994  urease subunit beta  64.36 
 
 		 101 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1497  urease subunit beta  67.33 
 
 		 101 aa  138  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0929  urease, beta subunit  66.34 
 
 		 101 aa  138  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2213  urease, gamma subunit  65 
 
 		 206 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0025871 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2185  urease, beta subunit  66.34 
 
 		 101 aa  138  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.108548 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0871  urease subunit beta  67.33 
 
 		 101 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4007  urease subunit beta  68.32 
 
 		 101 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.793578  normal  0.443182 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4155  urease, gamma subunit  63 
 
 		 206 aa  137  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.877974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3693  urease, beta subunit  66.34 
 
 		 101 aa  137  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.944796  normal  0.557003 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2033  urease subunit beta protein  64.36 
 
 		 101 aa  136  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279697  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0581  urease subunit beta  64.36 
 
 		 101 aa  136  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1240  urease, beta subunit  63.37 
 
 		 113 aa  136  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0881  urease subunit beta  63.37 
 
 		 111 aa  136  1e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.590043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3938  urease, beta subunit  66.34 
 
 		 117 aa  136  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4435  urease subunit beta  63.37 
 
 		 101 aa  135  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.635744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3203  urease, beta subunit  63.37 
 
 		 103 aa  135  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000313456  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4894  urease, beta subunit  64.36 
 
 		 102 aa  134  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0955  urease, beta subunit  62.38 
 
 		 105 aa  134  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2442  urease, beta subunit  63.37 
 
 		 101 aa  134  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.549938  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2183  urease subunit beta  65.35 
 
 		 101 aa  133  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0724  urease subunit beta  65.35 
 
 		 101 aa  133  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2558  urease subunit beta  65.35 
 
 		 101 aa  133  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3111  urease subunit beta  65.35 
 
 		 101 aa  133  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2056  urease subunit beta  65.35 
 
 		 101 aa  133  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0507  urease, beta subunit  65.35 
 
 		 103 aa  133  7.000000000000001e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1322  urease subunit beta  65.35 
 
 		 106 aa  133  8e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3465  urease subunit beta  61.39 
 
 		 106 aa  133  8e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00430973  normal  0.183409 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1054  urease subunit beta  59.41 
 
 		 106 aa  133  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3134  urease, beta/gamma subunit  65.35 
 
 		 132 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08941  urease subunit beta  61.39 
 
 		 106 aa  132  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.349786  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19251  urease subunit beta  59.41 
 
 		 106 aa  133  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.504611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3075  urease subunit beta  64.36 
 
 		 101 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08921  urease subunit beta  62.38 
 
 		 106 aa  132  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5588  urease subunit beta  63.37 
 
 		 101 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0835  urease subunit beta  62.38 
 
 		 106 aa  132  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4223  urease, beta subunit  64.71 
 
 		 102 aa  132  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0816788  normal  0.356223 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0747  urease subunit beta  58.42 
 
 		 102 aa  130  3.9999999999999996e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00888  probable urease (beta subunit) protein  61.39 
 
 		 102 aa  130  5e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0183  urease, beta subunit  62.63 
 
 		 106 aa  130  6e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29801  urease subunit beta  62.38 
 
 		 105 aa  130  6e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64370  urease subunit beta  62.38 
 
 		 101 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0786003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0220  urease  60.4 
 
 		 101 aa  129  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.773173 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0391  urease, beta subunit  62.38 
 
 		 117 aa  129  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0324  urease subunit beta  61.76 
 
 		 103 aa  129  1.0000000000000001e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00761079  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1077  urease subunit beta  58.42 
 
 		 101 aa  129  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2756  urease, beta subunit  64.36 
 
 		 124 aa  128  2.0000000000000002e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.109038  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1183  urease, beta subunit  62.38 
 
 		 105 aa  128  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>