More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_R0060 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_R0060  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00315069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00100  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0085  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.248101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0066  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.508112 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0086  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.325929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0085  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0231321  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t027  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t028  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0037  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.306367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0038  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.161096  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0067  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.51245 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0076  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000117195  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0036  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0059  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00352122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0076  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0077  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0076  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0631311  normal  0.3321 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0077  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0627424  normal  0.3321 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0058  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00863094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0057  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00956422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0087  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0074  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000142028  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0086  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0253829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0037  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0436606  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0036  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0763298  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0056  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0057  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0058  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0065  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00366622  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0039  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0436606  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0064  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00380472  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t057  tRNA-Met  98.68 
 
 		 77 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0444035  hitchhiker  0.000266303 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3126t  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.355044  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00106  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t20  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t21  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.929241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t22  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00110  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna065  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000522671  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna116  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000457869  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0075  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000125348  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2750  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.88112e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna073  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000472118  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0062  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00124144  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0061  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00126758  hitchhiker  0.000243294 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0068  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.516961 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0089  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0114933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0067  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00450958  hitchhiker  0.000893697 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0020  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0063  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00314729  hitchhiker  0.000241423 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t022  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t53  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.313703  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t54  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.243475  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0068  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00886368  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA21  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.929438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA22  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.531556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3184  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R21  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.69623  normal  0.0537905 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R22  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691198  normal  0.0547786 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0079  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0080  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0081  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0082  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0064  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0037637  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0077  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852479  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0019  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0040  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000251493  hitchhiker  0.0001025 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0078  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0079  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0041  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000296842  normal  0.054295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0078  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0634809  normal  0.33041 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0079  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.060888  normal  0.335766 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0088  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0114933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0077  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0065  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0014321  hitchhiker  0.000837814 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2747  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177551  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0039  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00627079  hitchhiker  0.0000321051 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0074  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.291778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0075  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.188709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0076  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.195191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0087  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0066  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00171075  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna063  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000457869  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna067  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000491703  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna069  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000397196  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t056  tRNA-Met  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0248114  hitchhiker  0.000277414 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t054  tRNA-Met  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00636739  hitchhiker  0.000266303 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t052  tRNA-Met  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00629284  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t055  tRNA-Met  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00625421  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0067  tRNA-Met  97.33 
 
 		 77 bp  133  6e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00910637  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00104  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00108  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03399  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0023  tRNA-Met  97.4 
 
 		 75 bp  131  3e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.3726300000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0017  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.687744  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t029  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t030  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4693  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.83874  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4696  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4700  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00322718  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>