More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_R0059 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_R0059  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00352122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0058  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00863094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0057  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00956422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3126t  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.355044  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0068  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.516961 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0089  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0114933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0087  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0064  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0037637  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0065  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0014321  hitchhiker  0.000837814 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0088  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0114933  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t53  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.313703  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t54  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.243475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA21  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.929438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA22  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.531556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0067  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00450958  hitchhiker  0.000893697 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R21  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.69623  normal  0.0537905 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R22  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691198  normal  0.0547786 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0079  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0080  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0081  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0082  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0061  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00126758  hitchhiker  0.000243294 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0060  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00315069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0075  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000125348  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0063  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00314729  hitchhiker  0.000241423 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0062  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00124144  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0077  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852479  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0066  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00171075  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0068  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00886368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t054  tRNA-Met  98.68 
 
 		 77 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00636739  hitchhiker  0.000266303 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t056  tRNA-Met  98.68 
 
 		 77 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0248114  hitchhiker  0.000277414 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t055  tRNA-Met  98.68 
 
 		 77 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00625421  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t052  tRNA-Met  98.68 
 
 		 77 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00629284  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0067  tRNA-Met  98.67 
 
 		 77 bp  141  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00910637  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00100  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0145  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000566193  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0125  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000166673  hitchhiker  0.000558782 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0110  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0138501  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0066  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.508112 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0086  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.325929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0100  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.925668  decreased coverage  0.00140231 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0102  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.872773  hitchhiker  0.00341362 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0093  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0074  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000142028  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0092  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t027  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t028  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0086  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0253829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0085  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.248101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0083  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0208848  normal  0.0528505 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0039  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0436606  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0034  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0865179  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0090  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0107  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0531774  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0085  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0231321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0037  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0436606  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0036  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0763298  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0076  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0077  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0076  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0631311  normal  0.3321 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0077  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0627424  normal  0.3321 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0087  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0091  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000136537  hitchhiker  0.00304334 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0067  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.51245 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0117  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.214909  hitchhiker  0.0000036975 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0056  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0057  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0058  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0037  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.306367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0036  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0076  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000117195  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0038  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.161096  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0108  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0137063  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0064  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00380472  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0065  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00366622  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0112  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0139915  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t057  tRNA-Met  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0444035  hitchhiker  0.000266303 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00106  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t20  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t21  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.929241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t22  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3199t  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.976924  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00110  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3201t  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3197t  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3203t  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0018  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.721782  hitchhiker  0.000298186 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t022  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0031  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0036  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0037  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0040  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000251493  hitchhiker  0.0001025 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0078  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0079  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0041  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000296842  normal  0.054295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0078  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0634809  normal  0.33041 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2750  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.88112e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0091  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4588  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236199  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0023  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00031593 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>