295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_R0008 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_R0003  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 122 bp  242  2e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.652452  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0008  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 122 bp  242  2e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.190694  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0015  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 122 bp  242  2e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0029  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 122 bp  242  2e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000608653  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0032  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 122 bp  242  2e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.132441  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0065  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 122 bp  242  2e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.916565  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0119  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 122 bp  242  2e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0124  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 122 bp  242  2e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000577919  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0131  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 122 bp  242  2e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.771786  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0122  5S ribosomal RNA  99.18 
 
 		 122 bp  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000639124  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0003  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 		 116 bp  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0011  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 		 116 bp  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0017  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 		 116 bp  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0105  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 		 116 bp  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.847383  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0120  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 		 116 bp  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0013  5S ribosomal RNA  98.28 
 
 		 116 bp  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0048  5S ribosomal RNA  98.28 
 
 		 116 bp  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0115  5S ribosomal RNA  98.28 
 
 		 116 bp  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0125  5S ribosomal RNA  98.28 
 
 		 116 bp  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0039  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 		 116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0021  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 116 bp  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0088  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 116 bp  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0162  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 116 bp  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0172  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 116 bp  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0178  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 116 bp  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0006  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 116 bp  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0003  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 116 bp  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000111098  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0018  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 116 bp  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.156618  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0031  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 116 bp  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.897464  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0023  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 116 bp  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0011  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 		 116 bp  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0081  5S ribosomal RNA  91.8 
 
 		 132 bp  163  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0029  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 115 bp  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000731174 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0102  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 121 bp  153  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0313304  normal  0.0786224 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0120  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 121 bp  153  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0534587 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0109  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 121 bp  153  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0125839 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0123  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 121 bp  153  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.719987  normal  0.315089 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0112  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 121 bp  153  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0502775  hitchhiker  0.0010565 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0022  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  151  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00178956 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0160  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  151  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00816321  hitchhiker  0.0000000341185 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0019  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  151  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000123433  hitchhiker  0.00199747 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0136  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  151  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131567 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0011  5S ribosomal RNA  90.83 
 
 		 121 bp  151  5e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0378607 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0003  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  151  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0054  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  151  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.38637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0017  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  151  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000137691  hitchhiker  0.00185628 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0154  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  151  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000904892 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0163  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  151  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000112315  hitchhiker  0.0000000360962 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0147  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  151  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.139148 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0014  5S ribosomal RNA  91.38 
 
 		 116 bp  151  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0199784  hitchhiker  0.000422489 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0005  5S ribosomal RNA  90.83 
 
 		 121 bp  151  5e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0611627 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0114  5S ribosomal RNA  90.68 
 
 		 132 bp  147  8.000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0473719  hitchhiker  0.000221991 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0006  5S ribosomal RNA  90.52 
 
 		 116 bp  143  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.166515  hitchhiker  0.0000000146471 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0009  5S ribosomal RNA  90.52 
 
 		 116 bp  143  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.845766  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0017a  5S ribosomal RNA  92.86 
 
 		 120 bp  139  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0045  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 118 bp  135  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.367607  normal  0.064154 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0144  5S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 116 bp  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.166391  hitchhiker  0.000347328 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0141  5S ribosomal RNA  92.47 
 
 		 115 bp  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0893526 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0003  5S ribosomal RNA  92.47 
 
 		 115 bp  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.130665 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0157  5S ribosomal RNA  92.47 
 
 		 115 bp  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.884697  normal  0.0459109 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0163  5S ribosomal RNA  92.47 
 
 		 115 bp  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0009  5S ribosomal RNA  92.47 
 
 		 115 bp  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131424 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0151  5S ribosomal RNA  92.47 
 
 		 115 bp  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.325051 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0146  5S ribosomal RNA  92.47 
 
 		 115 bp  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.163233  hitchhiker  0.000349999 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0012  5S ribosomal RNA  92.47 
 
 		 115 bp  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.486509 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0095  5S ribosomal RNA  92.47 
 
 		 115 bp  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0130  5S ribosomal RNA  92.47 
 
 		 115 bp  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.360206  hitchhiker  0.00734042 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0106  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0633136  hitchhiker  0.000000553763 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4290  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00943464  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4262  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0215297  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0095  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0491414  hitchhiker  0.003638 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4300  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0179371  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4282  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000174776  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4196  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000940838  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3398  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.495724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3468  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.119898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0099  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0795663  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0101  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.068415  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0102  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.907318  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0103  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01129  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0104  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0033867  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0010  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.137185  normal  0.0100238 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0082  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295466  normal  0.150061 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0019  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0647157  hitchhiker  0.00427171 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4192  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00523056  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4218  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00106979  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0016  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0354565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0131  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0232542  normal  0.0763062 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0472  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000566634  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0630  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000525893  normal  0.0738312 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1923  5S ribosomal RNA  95 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0302252  normal  0.557773 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0128  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 121 bp  125  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0121  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 120 bp  125  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.667113  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0015  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 120 bp  125  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.832778  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0005  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 116 bp  125  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.251445 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0009  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 116 bp  125  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0017  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 116 bp  125  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0034  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 116 bp  125  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0089  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 116 bp  125  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0101  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 		 116 bp  125  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>