63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0939 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0939  hypothetical protein  100 
 
 		 104 aa  212  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.013533 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0881  hypothetical protein  82.69 
 
 		 104 aa  185  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.605783 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0810  hypothetical protein  83.65 
 
 		 104 aa  186  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.221696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2577  hypothetical protein  54.81 
 
 		 105 aa  111  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.791068 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0904  hypothetical protein  56.44 
 
 		 103 aa  103  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1013  hypothetical protein  48 
 
 		 106 aa  98.6  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.725649  normal  0.806931 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2971  hypothetical protein  48 
 
 		 106 aa  97.4  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.319072  normal  0.0924288 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0775  hypothetical protein  48.42 
 
 		 95 aa  89  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.185794 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2228  hypothetical protein  47.52 
 
 		 105 aa  86.3  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.857457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0955  hypothetical protein  42.72 
 
 		 105 aa  84.7  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.120553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1034  hypothetical protein  42.57 
 
 		 105 aa  84.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4189  hypothetical protein  42.57 
 
 		 105 aa  84.3  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.538171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0596  hypothetical protein  42.57 
 
 		 105 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.216189  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1075  hypothetical protein  42.57 
 
 		 105 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0351  hypothetical protein  41 
 
 		 102 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0951  hypothetical protein  41.75 
 
 		 105 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3682  hypothetical protein  44.33 
 
 		 117 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.609395  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1232  hypothetical protein  41 
 
 		 101 aa  78.2  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3050  hypothetical protein  39.18 
 
 		 107 aa  77  0.00000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4663  hypothetical protein  41.24 
 
 		 100 aa  76.6  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.923088  normal  0.86551 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1667  hypothetical protein  41.58 
 
 		 112 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63005  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3378  hypothetical protein  38.14 
 
 		 101 aa  76.6  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4028  hypothetical protein  38.14 
 
 		 101 aa  76.6  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0974  hypothetical protein  36.89 
 
 		 104 aa  75.5  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.555742 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3915  hypothetical protein  39.8 
 
 		 103 aa  75.5  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.161933  hitchhiker  0.00330131 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1521  hypothetical protein  33.66 
 
 		 102 aa  73.9  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.193058  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2967  hypothetical protein  41.41 
 
 		 107 aa  73.6  0.0000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0236  putative lipoprotein  36.63 
 
 		 105 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2911  putative lipoprotein  36.63 
 
 		 105 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2851  putative lipoprotein  36.63 
 
 		 105 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0911  putative lipoprotein  36.63 
 
 		 105 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2538  putative lipoprotein  36.63 
 
 		 105 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.431486  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0395  putative lipoprotein  36.63 
 
 		 105 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.013553  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2961  putative lipoprotein  36.63 
 
 		 105 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4671  hypothetical protein  37.11 
 
 		 105 aa  71.2  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1327  hypothetical protein  39.53 
 
 		 103 aa  69.7  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0239737  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5171  hypothetical protein  37.11 
 
 		 101 aa  68.6  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2431  hypothetical protein  38.24 
 
 		 104 aa  68.2  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.642772  normal  0.0866494 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3381  hypothetical protein  29 
 
 		 102 aa  65.9  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.599317  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1934  hypothetical protein  27 
 
 		 110 aa  61.2  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.243436  hitchhiker  0.00191863 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2361  hypothetical protein  33.72 
 
 		 108 aa  60.8  0.000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0121658  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01578  hypothetical protein  34.94 
 
 		 105 aa  57  0.00000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1474  hypothetical protein  29.59 
 
 		 105 aa  54.3  0.0000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0666349  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2803  hypothetical protein  33 
 
 		 105 aa  53.9  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000126171  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2783  hypothetical protein  33 
 
 		 105 aa  53.9  0.0000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0201312  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1574  hypothetical protein  33 
 
 		 105 aa  53.9  0.0000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.161708  hitchhiker  0.0000000681184 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2878  hypothetical protein  33 
 
 		 105 aa  53.9  0.0000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00334069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1451  hypothetical protein  34 
 
 		 105 aa  53.1  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.185843  hitchhiker  0.00868672 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1386  hypothetical protein  34 
 
 		 105 aa  52.8  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136408  hitchhiker  0.000000182835 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1405  hypothetical protein  31.31 
 
 		 105 aa  52.8  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0611386  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2189  hypothetical protein  32.32 
 
 		 105 aa  53.1  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.612921  decreased coverage  0.00273146 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1439  hypothetical protein  34 
 
 		 105 aa  52.8  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0106518  hitchhiker  0.00000448294 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3109  hypothetical protein  33 
 
 		 143 aa  52  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2697  hypothetical protein  30.39 
 
 		 106 aa  52  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3715  Zn-ribbon like domain-containing protein  32.39 
 
 		 103 aa  51.6  0.000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2480  hypothetical protein  29.41 
 
 		 105 aa  49.7  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0116482  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2333  hypothetical protein  31.63 
 
 		 105 aa  50.1  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.101218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2888  hypothetical protein  29.9 
 
 		 105 aa  49.7  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.663945  hitchhiker  0.000042326 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03295  uncharacterized conserved protein containing predicted Zn-ribbon like domain  30.69 
 
 		 108 aa  49.3  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.556197  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3504  Zn-ribbon like domain-containing protein  25 
 
 		 103 aa  48.1  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.887802 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003944  hypothetical protein  30.12 
 
 		 92 aa  48.1  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1760  hypothetical protein  29.9 
 
 		 105 aa  47.4  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0207177  normal  0.0104849 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1715  hypothetical protein  26.8 
 
 		 102 aa  42.4  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.825989  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>