64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0566 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0566  hypothetical protein  100 
 
 
65 aa  137  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0487  hypothetical protein  93.85 
 
 
65 aa  132  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0621147  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0474  hypothetical protein  92.31 
 
 
65 aa  130  9e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0492  hypothetical protein  79.37 
 
 
64 aa  115  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0546  hypothetical protein  80.95 
 
 
64 aa  114  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000158423  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1534  hypothetical protein  66.1 
 
 
62 aa  89.7  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1819  hypothetical protein  67.8 
 
 
62 aa  89.7  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1061  hypothetical protein  58.46 
 
 
67 aa  77  0.00000000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0292  hypothetical protein  54.84 
 
 
65 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0587  hypothetical protein  54.84 
 
 
65 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2420  hypothetical protein  54.84 
 
 
65 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0829  hypothetical protein  54.84 
 
 
65 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0833  hypothetical protein  54.84 
 
 
65 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0033  hypothetical protein  54.84 
 
 
65 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0659  hypothetical protein  54.84 
 
 
65 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.619308  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0991  hypothetical protein  54.84 
 
 
65 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.744521  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0666  hypothetical protein  55.74 
 
 
64 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2021  hypothetical protein  55.74 
 
 
64 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2661  hypothetical protein  55.74 
 
 
64 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.620222  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2632  hypothetical protein  55.74 
 
 
64 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3281  hypothetical protein  55.74 
 
 
64 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0685  hypothetical protein  55.74 
 
 
64 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.532051  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0455  hypothetical protein  52.46 
 
 
64 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.445992 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2679  hypothetical protein  54.1 
 
 
70 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.555518  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5963  hypothetical protein  54.1 
 
 
64 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.23421 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2552  hypothetical protein  54.1 
 
 
64 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733693  normal  0.983543 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0625  hypothetical protein  57.14 
 
 
63 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000281892  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3295  hypothetical protein  59.65 
 
 
62 aa  70.1  0.000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.783186 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0265  hypothetical protein  53.73 
 
 
68 aa  67  0.00000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1302  hypothetical protein  42.65 
 
 
68 aa  66.6  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.121261 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0183  hypothetical protein  52.24 
 
 
68 aa  66.6  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.288407  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0535  hypothetical protein  50 
 
 
63 aa  65.5  0.0000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.303482  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0702  hypothetical protein  59.18 
 
 
70 aa  65.1  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00942627  hitchhiker  0.000000331825 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0546  hypothetical protein  59.18 
 
 
70 aa  65.1  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.823502  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0202  hypothetical protein  50.75 
 
 
68 aa  65.5  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0317  hypothetical protein  49.25 
 
 
69 aa  64.3  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2135  hypothetical protein  48.15 
 
 
78 aa  63.9  0.0000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1208  hypothetical protein  58.49 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0204  hypothetical protein  47.76 
 
 
69 aa  63.5  0.0000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0255  hypothetical protein  47.76 
 
 
69 aa  62.8  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2476  hypothetical protein  48.44 
 
 
68 aa  62.8  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0507  hypothetical protein  51.61 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.194384  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0148  hypothetical protein  52.54 
 
 
69 aa  60.8  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0304  hypothetical protein  52.17 
 
 
72 aa  58.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3551  hypothetical protein  55.32 
 
 
46 aa  58.5  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.772899  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02626  hypothetical protein  59.09 
 
 
65 aa  58.2  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0302  Zinc finger, CHCC-type  50 
 
 
74 aa  58.2  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.651805  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3349  hypothetical protein  54.17 
 
 
65 aa  57  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2791  hypothetical protein  54.35 
 
 
86 aa  55.5  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00775676  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2264  hypothetical protein  46.67 
 
 
84 aa  55.1  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0067  hypothetical protein  55.81 
 
 
94 aa  54.7  0.0000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0081  hypothetical protein  55.81 
 
 
94 aa  55.1  0.0000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0466  hypothetical protein  48.98 
 
 
72 aa  54.3  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2134  hypothetical protein  41.67 
 
 
70 aa  52  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2750  hypothetical protein  48.78 
 
 
64 aa  49.7  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2623  hypothetical protein  48.78 
 
 
64 aa  49.7  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1118  hypothetical protein  42.37 
 
 
81 aa  45.8  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0335  hypothetical protein  41.3 
 
 
68 aa  45.8  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1854  hypothetical protein  41.3 
 
 
67 aa  45.8  0.0002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3291  hypothetical protein  38.18 
 
 
81 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.641744  hitchhiker  0.00862607 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2181  hypothetical protein  42.86 
 
 
81 aa  43.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3148  hypothetical protein  42.86 
 
 
81 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.03875  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2132  hypothetical protein  38.89 
 
 
81 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.698829  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5236  hypothetical protein  39.62 
 
 
80 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.139466 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>