30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2731 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2731  hypothetical protein  100 
 
 		 136 aa  265  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.297491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1275  hypothetical protein  79.41 
 
 		 138 aa  207  3e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0031  hypothetical protein  53.1 
 
 		 148 aa  128  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0754943 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2414  hypothetical protein  51.03 
 
 		 152 aa  120  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.111382 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2464  curli production assembly/transport component CsgF precursor  36.67 
 
 		 137 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2473  curli production assembly/transport component CsgF precursor  33.05 
 
 		 137 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal  0.308509 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0869  curli production assembly/transport component CsgF, putative  34.11 
 
 		 131 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1992  curli fiber protein CsgF, putative  33.33 
 
 		 143 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0290148  normal  0.0475001 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3153  curli production assembly/transport component CsgF, putative  34.11 
 
 		 131 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3254  curli production assembly/transport component CsgF, putative  34.11 
 
 		 131 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3473  curli fiber protein CsgF, putative  34.82 
 
 		 137 aa  64.7  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.910163  normal  0.86735 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2298  hypothetical protein  34.82 
 
 		 137 aa  64.7  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3686  curli production assembly/transport component CsgF, putative  32.56 
 
 		 131 aa  62  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2858  curli production assembly/transport component CsgF, putative  35.58 
 
 		 129 aa  62  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2350  hypothetical protein  30.37 
 
 		 134 aa  58.2  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0642  curli production assembly/transport component CsgF, putative  32.03 
 
 		 130 aa  58.2  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00175392  unclonable  0.0000000139477 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1004  curli production assembly/transport component CsgF, putative  30.23 
 
 		 131 aa  57  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1037  curli production assembly/transport component CsgF, putative  30.23 
 
 		 131 aa  57  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.730845 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3335  curli production assembly/transport component CsgF, putative  30.23 
 
 		 131 aa  57  0.00000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1025  curli production assembly/transport component CsgF, putative  30.23 
 
 		 131 aa  57  0.00000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2985  curli production assembly/transport component CsgF, putative  30.23 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01505  putative curli production assembly/transport component  33.7 
 
 		 151 aa  55.5  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6062  Curli production assembly/transport component CsgF  29.85 
 
 		 140 aa  54.7  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0970  curli production assembly/transport component CsgF, putative  35.48 
 
 		 135 aa  54.3  0.0000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2587  hypothetical protein  33.05 
 
 		 145 aa  52.8  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1519  curli production assembly/transport component CsgF precursor  49.21 
 
 		 133 aa  51.6  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.817654  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1819  curli production assembly/transport component CsgF precursor  41.03 
 
 		 135 aa  49.7  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0321037  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1728  curli production assembly/transport component CsgF precursor  38.2 
 
 		 139 aa  48.1  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.6125  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4729  Curli production assembly/transport component CsgF  30.83 
 
 		 134 aa  48.1  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2856  assembly/transport component in curli production, CsgF precursor  35.96 
 
 		 133 aa  45.8  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.618254  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>