14 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1360 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1360    100 
 
 		 261 bp  517  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.258599  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0376  integrase catalytic region  89.04 
 
 		 825 bp  163  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000146675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0024  integrase core domain protein  86.99 
 
 		 831 bp  139  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.73785  normal  0.509225 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0001  integrase core subunit  96.1 
 
 		 615 bp  129  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.274298 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4081  integrase catalytic region  93.98 
 
 		 633 bp  125  6e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1816    88.24 
 
 		 291 bp  54  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.787707 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0828  ISRSO14-transposase orfB protein  100 
 
 		 828 bp  50.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1492  ISRSO14-transposase orfB protein  100 
 
 		 828 bp  50.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0134955  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2405  ISRSO14-transposase orfB protein  100 
 
 		 828 bp  50.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1217  ISRSO14-transposase orfB protein  100 
 
 		 828 bp  50.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.350381  normal  0.163604 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1279  putative transposase  91.89 
 
 		 264 bp  50.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0690484  normal  0.046933 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1661  integrase catalytic region  91.67 
 
 		 447 bp  48.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.42448  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1628  ISRSO16-transposase ORFB protein  100 
 
 		 810 bp  46.1  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4648  integrase catalytic region  93.55 
 
 		 636 bp  46.1  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>